结论前置：在公司重整过程中，农民工工资的支付需遵循法律规定的优先顺序，确保其合法权益不受损害。具体支付方式及保障措施如下：

1. 工资支付优先权

根据《企业破产法》及相关司法解释，农民工工资属于职工债权，在重整程序中享有优先清偿权。具体表现为：

• 清偿顺序优先：在重整计划中，职工债权（包括工资、医疗、伤残补助、抚恤费用等）优先于普通债权受偿，仅次于是担保债权（如有）。
  
• 全额清偿要求：重整计划需明确职工工资的清偿比例和时间，通常要求全额支付，且支付期限不得超过重整计划批准后的合理期限（如6个月内）。
  
• 例外情形：若公司财产不足以清偿全部职工债权，需按比例分配，但农民工工资仍优先于其他普通债权。

2. 重整计划中的保障措施

• 管理人监督：重整期间，由法院指定的管理人负责监督公司财产，确保工资支付符合法定顺序。
  
• 债权人会议表决：重整计划需经债权人会议表决通过，其中职工债权组对工资支付方案有表决权，若未通过，法院可强制批准（需满足法定条件）。
  
• 政府协调机制：地方人社部门可能介入，协调企业、投资人或政府垫付工资，后续通过重整资金追偿。

3. 农民工维权途径

• 申报债权：农民工需在重整程序中向管理人申报工资债权，提供劳动合同、工资条等证据。
  
• 异议权：若对工资清偿方案有异议，可向管理人提出，或通过法院提起诉讼。
  
• 集体协商：农民工可推选代表与管理人、投资人协商工资支付方案，提高效率。

4. 特殊情形处理

• 未申报工资的处理：若农民工未及时申报债权，可在重整计划执行完毕前补充申报，但可能影响清偿比例。
  
• 恶意拖欠的处罚：若公司或实际控制人存在隐匿财产、虚假重整等行为，可能构成拒不支付劳动报酬罪，需承担刑事责任。

总结：公司重整时，农民工工资支付受法律严格保护，需通过重整计划明确清偿方案，并依托管理人、法院及政府监督确保落实。若遇纠纷，建议及时申报债权并行使法律权利。如有具体问题，可进一步向我咨询。