解除劳动关系的起始时间，需根据员工自动离职的具体情形及单位处理方式来确定，一般有以下两种情况：
若员工单方面自动离职，且未提前通知单位：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内提前三日）。若员工未履行此通知义务而擅自离职，理论上其离职行为并不直接产生解除劳动关系的法律效力，但实践中，若员工实际已不再到岗工作，且单位也未提出异议或未要求员工返回，则双方劳动关系可能自员工实际不再提供劳动之日起视为解除。不过，这种情况下存在法律风险，因为单位可能因未及时处理而被视为默认接受员工的离职行为，也可能因员工后续主张权益而面临纠纷。
- 更稳妥的做法是：单位在发现员工擅自离职后，应及时通过书面形式（如邮件、短信、快递等）通知员工返回工作或办理离职手续，并明确若未在规定时间内回应，将视为员工单方面解除劳动合同。若员工仍未回应，则单位可以员工严重违反公司规章制度为由，正式解除劳动关系，并明确解除日期。
若员工自动离职前已与单位协商一致，或单位已明确接受员工离职：
- 在这种情况下，解除劳动关系的起始时间通常以双方协商一致的日期为准，或者以单位正式接受员工离职的书面通知中载明的日期为准。若双方有书面协议或单位有明确的书面接受离职的通知，则解除日期以该书面文件载明的日期为准。
建议：对于工伤员工自动离职的情况，单位应谨慎处理，避免因处理不当而引发劳动争议。最好是通过书面形式与员工沟通，明确离职意愿、离职日期及后续事宜（如工伤待遇结算、档案转移等），以确保双方权益得到保障。若遇到复杂情况或不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。