结论前置：一次性医疗补助金申请中，若单位不盖章，仲裁申请本身仍有效，但可能影响补助金的支付流程。具体需分情况讨论。

1. 仲裁申请的有效性不依赖于单位盖章

根据《劳动争议调解仲裁法》第二十八条，申请人提交仲裁申请时，需提供仲裁申请书及副本、身份证明、相关证据等材料。单位是否盖章并非仲裁申请的法定要件。只要申请人提交的材料符合形式要求（如申请书内容完整、证据真实），仲裁委员会即应受理。

例外情形：若地方性法规或仲裁规则明确要求单位在特定文件上盖章（如工资发放记录、工伤认定书等），而申请人未提供，可能被要求补正材料，但不影响仲裁申请本身的效力。

2. 单位不盖章可能影响补助金支付流程

一次性医疗补助金的支付通常以工伤认定、劳动能力鉴定等结论为依据。若单位不配合盖章（如拒绝在工伤认定申请表、劳动能力鉴定表上盖章），可能导致以下后果：

• 工伤认定延迟：根据《工伤保险条例》第十八条，用人单位未在事故伤害发生之日起30日内提交工伤认定申请的，劳动者可自行申请，但需提供劳动关系证明等材料。若单位拒绝盖章确认劳动关系，劳动者需通过其他证据（如工资流水、工作证等）证明，可能延长认定时间。
• 仲裁裁决执行障碍：若仲裁裁决支持劳动者获得一次性医疗补助金，但单位拒绝支付，劳动者需向法院申请强制执行。此时，若单位未在仲裁阶段配合盖章，可能增加执行阶段的沟通成本，但不影响裁决的强制力。

3. 实务建议

• 优先协商：尝试与单位沟通，明确拒绝盖章的原因（如对工伤事实有异议），通过协商解决争议。
• 完善证据链：若单位拒绝配合，劳动者应收集其他证据（如劳动合同、考勤记录、医疗诊断证明等），证明劳动关系及工伤事实。
• 及时申请仲裁：无需因单位不盖章而拖延，仲裁委员会会依法审查材料并作出裁决。
• 申请强制执行：若裁决生效后单位仍不支付，可向法院申请强制执行，法院可通过查封、扣押财产等方式保障权益。

总结：单位不盖章不影响仲裁申请的效力，但可能增加维权成本。劳动者应积极收集证据，通过法律途径维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。