员工申请劳动仲裁的主要原因包括与用人单位在劳动关系、劳动合同、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训、劳动保护以及工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等事项上产生的争议。以下是对这些原因的详细分析：
一、劳动关系争议
- 确认劳动关系：当用人单位与劳动者之间就劳动关系的存在与否产生分歧时，例如未签订书面劳动合同但员工实际提供了劳动，员工可以申请劳动仲裁来确认劳动关系，以保障自己的权益。
二、劳动合同相关争议
- 订立争议：用人单位未按照法律规定与员工订立劳动合同，或者劳动合同的内容违反法律法规、侵犯员工权益，如工作时间过长且无相应加班补偿等。
- 履行争议：用人单位未按照劳动合同的约定提供劳动条件、劳动保护或未及时足额支付劳动报酬，如拖欠工资、克扣奖金等。
- 变更争议：用人单位未经员工同意擅自变更劳动合同的主要内容，如调岗、降薪等，损害员工利益。
- 解除和终止争议：用人单位违法解除劳动合同，如在员工患病期间或女职工孕期、产期、哺乳期解除，或者终止劳动合同未依法支付经济补偿金。
三、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训及劳动保护争议
- 工作时间和休息休假：用人单位违反法律规定安排员工加班但不支付加班费，或者不按照国家规定给予员工年休假等休息休假权利。
- 社会保险：用人单位未依法为员工缴纳社会保险费，或者缴费基数低于员工的实际工资水平。
- 福利和培训：用人单位承诺的福利待遇未兑现，如年终奖金、节日福利等，或者以培训名义收取费用但未提供相应的培训服务。
- 劳动保护：用人单位提供的劳动环境或条件不符合国家规定的安全卫生标准，对员工的身体健康构成威胁。
四、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金争议
- 工伤医疗费：员工发生工伤后，用人单位拒绝支付医疗费用或者对工伤认定、劳动能力鉴定结果有异议，导致员工无法获得应有的工伤赔偿。
- 经济补偿和赔偿金：用人单位在劳动合同期满终止、被依法宣告破产等情况下未按照法律规定向员工支付经济补偿金，或者因违法解除劳动合同而需要支付赔偿金但拒绝支付。
综上所述，员工申请劳动仲裁的原因多种多样，但主要围绕在劳动关系、劳动合同、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训、劳动保护以及工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等方面的争议。如遇上述争议，员工可依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。