员工有权选择是否签署公司发出的薪资结构变更文件。若未经员工同意，公司擅自更改薪资结构，员工可以拒绝签字，并通过法律途径维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与合同变更原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，方可变更劳动合同约定的内容，且变更应当采用书面形式。薪资结构作为劳动合同的重要组成部分，其更改必须经过双方协商一致，并以书面形式确认。因此，公司单方面更改薪资结构，未与员工达成一致意见，是违反法律规定的。
二、员工的权利与应对方式
拒绝签字：
- 员工有权在不同意公司更改薪资结构的情况下拒绝签字。这是员工表达自己不同意见的合理且合法的方式。拒绝签字意味着员工不认可这一变更，公司应继续按照原劳动合同的条款执行，包括原有的工资待遇。
与公司协商：
- 在拒绝签字后，员工可以尝试与公司管理层进行友好沟通，明确表达自己不同意更改薪资结构的原因，并要求公司恢复原薪资结构或进行进一步的协商。
申请劳动仲裁或诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供如劳动合同、工资条等相关证据，以证明公司未经同意变更薪资结构的事实。若对仲裁结果不满意，员工还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。
三、不签署可能面临的风险及应对建议
劳动关系受影响：
- 虽然员工有拒绝签署的权利，但若公司以员工不接受薪资结构调整为由解除劳动合同，可能会引发劳动争议。若公司依据合法有效的规章制度和法律程序解除劳动合同，员工可能面临失业风险。因此，在决定不签署前，员工应评估自身劳动关系的稳固性，并考虑与公司进一步沟通或寻求法律援助。
失去潜在福利：
- 随着薪资结构的调整，公司可能会引入新的福利或激励措施。若员工选择不签署，可能会错过这些潜在的福利提升机会。因此，在做出决定前，员工应全面了解调整后的薪资结构及附带福利，权衡利弊。
四、公司的义务与法律责任
遵守法律规定：
- 公司在更改薪资结构时，必须严格遵守《劳动合同法》的相关规定，确保与员工进行充分协商，并取得员工的书面同意。
不得强行执行：
- 在公司与员工就薪资结构变更存在争议期间，公司不得单方面强制执行变更后的条款，否则可能构成对劳动合同的违约行为。
承担法律责任：
- 如果公司因员工拒绝签字而采取不当措施，如解雇、降职等，员工有权要求公司承担相应的法律责任，包括但不限于经济补偿、恢复原有职位等。
总结与建议：
面对公司发出的薪资结构变更文件，员工应首先评估变更的合理性、合法性以及对自身权益的影响。若存在疑虑或不满，应积极与公司进行沟通协商，尝试达成双方都能接受的解决方案。若实在无法协商一致，且变更确实损害了员工权益或违反了法律法规，员工可以依法选择不签署并寻求法律救济途径。在整个过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、沟通记录等，以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。