员工配合店里卖药是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果店铺具备合法的药品销售资质，且员工销售的是合法药品：
- 在这种情况下，员工配合店里卖药是合法的。店铺需要持有有效的《药品经营许可证》，并且销售的药品必须符合国家药品标准，有合法的进货渠道和销售记录。员工作为店铺的一员，参与合法的药品销售活动，不违反任何法律规定。
如果店铺不具备药品销售资质，或者销售的是非法药品：
- 在这种情况下，员工配合店里卖药就是违法的。根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，未取得药品经营许可证销售药品的，将面临严厉的处罚，包括没收违法销售的药品和违法所得，以及处以罚款等。如果员工明知店铺不具备资质或销售的是非法药品，仍然参与销售活动，那么员工也可能承担相应的法律责任。
法律背景与建议：
- 药品销售受到严格的法律监管，因为药品直接关系到人们的生命健康。因此，任何涉及药品销售的活动都必须遵守相关法律法规。
- 对于员工来说，在参与店铺的药品销售活动前，应该了解店铺是否具备合法的药品销售资质，以及销售的药品是否合法。如果发现店铺存在违法行为，应该及时向相关部门举报，并避免参与其中。
- 如果员工因为配合店里卖药而涉嫌违法，应该尽快咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。
可能的法律后果：
- 如果员工因为配合非法药品销售活动而被查处，可能会面临罚款、没收违法所得、甚至刑事责任等法律后果。具体后果取决于违法行为的严重程度和员工的参与程度。
总之，员工配合店里卖药是否违法，取决于店铺是否具备合法的药品销售资质以及销售的药品是否合法。如果有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。