股东与债权人约定溢价回购股权，在符合法律法规和公司章程规定的前提下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国公司法》：虽然公司法并未直接规定股东与债权人之间可以约定溢价回购股权，但也没有明确禁止此类行为。关键在于，此类约定是否违反法律法规的强制性规定，以及是否损害国家利益、社会公共利益或其他股东和债权人的合法权益。只要不违反这些原则，该约定即被视为有效。
《中华人民共和国民法典》：民法典强调民事主体从事民事活动应遵循自愿原则。这意味着，股东与债权人在平等、自愿的基础上，可以就溢价回购股权达成协议。
二、适用情形与注意事项
公司经营状况：溢价回购股权的合理性往往与公司经营状况密切相关。例如，当公司经营良好、股权价值上升时，股东与债权人可能基于对未来收益的预期而约定溢价回购。然而，这种约定必须建立在真实、合理的市场评估基础上，避免损害公司和其他股东的利益。
债权人利益保护：在约定溢价回购股权时，必须充分考虑债权人的利益。如果溢价回购导致公司资产减少，进而影响债权人的债权实现，那么这种约定可能因损害债权人利益而被视为无效。因此，在约定溢价回购时，应确保公司有足够的资产和现金流来支持这一行为，并考虑对债权人的保护措施。
公司章程与股东会决议：对于有限责任公司而言，溢价回购股权的约定可能需要经过股东会的决议。公司章程中可能对此有明确规定，如需修改章程以适应溢价回购的约定，则需按照章程规定的程序进行修改。对于股份有限公司而言，虽然其收购本公司股份的情形有严格限制，但在符合法律规定的情形下（如减少注册资本、与持股公司合并等），也可以约定溢价回购股权。
三、法律建议与风险防范
明确约定条款：在约定溢价回购股权时，应明确回购价格、回购时间、支付方式等关键条款，以避免后续纠纷。
遵守法定程序：确保溢价回购股权的行为符合公司法和其他相关法律法规的规定，如经过股东会决议、履行信息披露义务等。
保护债权人利益：在溢价回购股权时，应充分考虑债权人的利益，避免因回购行为导致公司资产减少而损害债权人的债权实现。可以考虑采取提供担保、增加注册资本等措施来保护债权人的利益。
寻求专业法律意见：由于溢价回购股权涉及复杂的法律问题和风险，建议在操作前寻求专业律师的法律意见，以确保行为的合法性和有效性。
举例说明：假设某公司经营状况良好，股权价值上升。股东A与债权人B约定，由公司以高于市场价的价格回购A持有的股权。在此情况下，只要该约定不违反法律法规和公司章程的规定，且经过股东会的决议（对于有限责任公司而言），同时充分考虑了债权人的利益保护措施，那么这种溢价回购股权的约定就是合法的。
总结与建议：股东与债权人约定溢价回购股权在符合法律法规和公司章程规定的前提下是合法的。然而，在实际操作中必须谨慎行事，确保所有相关方的利益得到妥善保护。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。