公司工资分两份发，并不直接构成违法行为，但具体是否违法需结合实际情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
合理的薪酬结构设计：
- 公司根据自身的薪酬管理制度，将工资合理拆分为基本工资、绩效工资、奖金或特殊福利（如住房补贴、交通补贴）等不同部分，并在不同时间发放。这种做法旨在激励员工，提高工作效率，只要两次发放的工资总额不低于当地最低工资标准，且符合劳动合同的约定，就是合法的。
- 例子：公司每月月初发放基本工资以保障员工基本生活需求，月底根据绩效评估结果发放绩效工资或奖金。
遵守劳动合同与支付规定：
- 公司应全面履行劳动合同约定的支付工资义务，确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。同时，根据《工资支付暂行规定》，工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。只要公司满足这些条件，即使工资分两次发放，也是合法的。
合理税务筹划：
- 在遵守法律法规的前提下，公司对工资发放方式进行合理安排，如将一部分工资以福利形式发放（需依法缴税），另一部分以现金形式发放，整体符合税法规定和企业薪酬制度，也是合法的。
违法情形
恶意拆分逃避义务：
- 公司为逃避缴纳社保、公积金或个人所得税等法定义务，故意将工资分两次发放，并向有关部门隐瞒真实工资收入情况。这种行为违反了《社会保险法》、《住房公积金管理条例》及税收相关法律法规，是违法的。
未足额按时支付：
- 如果公司分两次发放工资，但每次发放的时间和金额都不固定，导致员工无法按时足额获得劳动报酬，影响员工正常生活。这违反了《劳动法》第五十条关于“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定，是违法的。
低于最低工资标准或掩盖加班工资等问题：
- 公司虽名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发。或者公司压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资。这些行为都违反了劳动法规定，是违法的。
总结与建议
判断公司工资分两份发是否违法，需综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。如果对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律意见和帮助。同时，公司也应严格遵守相关法律法规，确保工资发放方式的合法性和合规性，以维护员工的合法权益。