非法经营的员工是否会被判刑，需结合具体情况来判断，一般分为以下两种情况：
员工不知情且未参与非法活动：
- 如果员工仅是在非法经营企业打工，主观上并未意识到企业在从事非法经营活动，也没有主动参与或组织非法活动，那么通常情况下，该员工不会被判刑。这是因为刑事责任的认定需要行为人主观上存在故意或过失，而不知情则意味着员工主观上无犯罪故意，不符合犯罪构成要件。
员工明知且积极参与非法活动：
- 如果员工明明知道企业在从事非法经营活动，仍然积极参与其中，比如帮忙售卖非法物品、提供财务支持、参与决策或组织实施非法活动等，那么这种行为就可能构成共同犯罪，员工需要承担相应的刑事责任。具体会被判处何种刑罚（如拘役、有期徒刑等），则要看其在犯罪中的作用和情节等因素。司法机关会综合具体案件情况，包括员工的工作时间、收入来源、行为对犯罪结果的影响力等，来判定其责任并作出相应的量刑。
此外，还有一些特殊情况需要考虑：
- 员工事后协助掩盖事实：即使员工最初不知情，但如果事后协助公司掩盖非法经营事实，也可能被追究刑事责任。
- 员工获利情况：员工在非法经营活动中的获利情况也是量刑的参考因素之一。获利多通常意味着参与程度深、作用大，因此量刑可能相对更重。
为了规避此类风险，我给出以下建议：
- 员工方面：在入职时应充分了解公司业务的合法性，工作中保持谨慎态度，一旦发现非法迹象应及时协商或举报。
- 公司方面：应加强合法经营培训，确保员工清楚法律边界，避免因无知而触犯法律。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，司法机关在判定员工是否会被判刑以及量刑轻重时，会综合考虑各种因素。因此，如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议直接向我咨询，以便得到更具体、更准确的法律建议。