对于虚开发票的公司，员工若涉及其中，公司应首先配合相关部门的调查，并根据调查结果对员工进行相应的内部处理，同时可能面临法律责任。具体分析如下：

一. 员工虚开发票的法律责任

1. 刑事责任：若员工犯下虚开发票罪且情节严重，根据《刑法》第205条，法庭可依法判处其两年以下有期徒刑、拘役或管制，并需执行罚金刑罚。情节特别恶劣的，将判处2年以上7年以下有期徒刑，并承担罚金惩罚。
2. 行政处罚：税务局会对虚开发票的行为进行查处，没收非法收入，并根据虚开金额的大小处以罚款。若虚开金额超过1万元，罚款将在5万至50万元之间。

二. 公司应如何处理

1. 内部调查：公司应立即进行内部调查，核实员工的虚开发票行为，并收集相关证据。
2. 配合调查：公司应积极配合税务、公安等相关部门的调查，提供所需资料和信息。
3. 内部处理：根据调查结果，公司可对员工进行警告、罚款、降职、辞退等内部处理。
4. 法律责任：若员工的虚开发票行为构成犯罪，公司应依法将其移送司法机关处理，并承担可能因员工行为导致的法律后果，如连带责任等。

三. 预防措施

• 公司应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和诚信意识。
• 建立健全的财务管理制度，加强对发票等财务凭证的审核和管理。
• 定期对财务进行内部审计，及时发现和纠正可能存在的问题。

我建议，公司应严肃对待员工虚开发票的行为，不仅为了遵守法律法规，也为了维护公司的声誉和财务安全。同时，公司应加强内部管理，预防类似行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。