生态环境处罚案件超期90天，并不能直接作为终止调查的依据。在生态环境处罚案件中，调查期限的延长或终止并非单纯由时间因素决定，而是需要依据具体的法律法规和案件情况来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律法规依据
《环境行政处罚办法》的相关规定：
- 根据《环境行政处罚办法》，环境行政处罚案件应当自立案之日起的3个月内作出处理决定。案件办理过程中听证、公告、监测、鉴定、送达等时间不计入期限。
- 若案件确实复杂，经本机构负责人批准后，可以延长，但延长期限不得超过3个月。对于处于行政诉讼接诉期的案件，亦不计入上述期限。
- 关键点：法律并未规定超期90天就必须终止调查，而是赋予了办案机构在特定情况下延长调查期限的权力。
终止调查的法定条件：
- 终止调查通常发生在违法事实不成立、违法行为已过追溯时效，或者因其他法定原因不再需要继续调查的情况下。
- 超期并非终止调查的法定理由：单纯的时间流逝，并不构成终止调查的法定依据。
二、实际操作与考量
调查期限的延长：
- 在实际操作中，如果案件确实复杂，涉及多个方面或需要进一步收集证据，办案机构可以依法申请延长调查期限。
- 延长程序：延长调查期限需要经过本机构负责人的批准，并确保延长的期限合理且必要。
终止调查的决策过程：
- 终止调查是一个严肃的决策过程，需要综合考虑案件的性质、证据的充分性、违法行为的严重性以及社会影响等多个因素。
- 决策依据：办案机构在决定是否终止调查时，必须依据明确的法律法规和案件事实，而不能仅凭时间因素作出判断。
三、法律后果与建议
违法终止调查的法律后果：
- 如果办案机构在没有法定理由的情况下擅自终止调查，可能会面临法律上的责任，包括但不限于行政复议、行政诉讼等。
- 对当事人权益的影响：违法终止调查还可能损害当事人的合法权益，如导致违法行为得不到应有的惩处，或者使当事人错过申诉和维权的机会。
建议：
- 对于办案机构：应严格遵守法律法规规定的调查期限和程序，确保调查的合法性和有效性。如果需要延长调查期限，应及时申请并说明理由。
- 对于当事人：如果认为办案机构在调查过程中存在违法行为或不当行为，可以依法向上级机关或相关部门进行投诉和举报。同时，也可以咨询专业律师以维护自己的合法权益。
总结来看，生态环境处罚案件超期90天并不能直接作为终止调查的依据。办案机构应依法进行调查，并在必要时申请延长调查期限。如果案件确实符合终止调查的条件，如违法事实不成立或已过追溯时效等，才能依法作出终止调查的决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。