生态环境处罚案件的立案期限通常不包括检查当天，但立案审批当天是否计入立案期限，需结合具体程序规定及地方性法规综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 立案期限的法定起点

根据《生态环境行政处罚办法》（2023年修订）及相关实践，立案期限一般从“发现违法行为”或“收到举报/移送材料”之日起计算，而非从现场检查当天开始。例如：

• 检查当天：若执法人员仅进行现场勘查、取证，但尚未完成违法事实的初步认定（如未确认主体、行为性质等），则检查当天通常不计入立案期限。
• 立案审批当天：若立案审批是立案程序的必要环节（如需内部审核、领导签批），且审批通过后正式立案，则审批当天可能计入立案期限的终点（即立案完成日），但具体需看地方规定是否明确排除审批时间。

2. 地方性法规的差异

部分省份可能对立案期限有细化规定，例如：

• 明确排除检查当天：如某省规定“立案期限自收到完整举报材料或确认违法事实之日起计算”，则检查当天（未确认事实前）不计入。
• 模糊处理审批时间：若法规仅规定“立案期限为X日”，但未明确是否包含审批时间，实践中可能以“审批通过日”为立案完成日，但需避免因内部流程拖延导致超期。

建议：若涉及具体案件，需查阅案件发生地的省级生态环境部门或地方政府发布的行政处罚程序规定，以确认是否排除检查或审批时间。

3. 立案期限的例外情形

即使法规未明确排除检查或审批时间，以下情形可能影响期限计算：

• 需要补充调查：若检查后发现证据不足，需进一步调查的，立案期限可能从补充调查完成之日起计算。
• 当事人配合情况：若当事人拒不配合调查（如拒绝签字、隐匿证据），导致立案延迟的，可能适用“不可抗力”条款延长期限，但需留存证据。
• 跨部门协作：若案件需其他部门协助调查（如公安、市场监管），协作时间可能不计入立案期限，但需以书面协议明确。

4. 超期立案的法律后果

若生态环境部门未在法定期限内立案，可能面临以下风险：

• 行政程序违法：当事人可申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销处罚决定。
• 证据效力风险：超期立案可能导致关键证据（如现场照片、监测报告）因取证程序瑕疵被排除。
• 内部追责：执法人员可能因程序违法被问责，影响考核或晋升。

5. 实务建议

• 对执法部门：
  
  • 明确立案流程的时间节点，避免因内部审批拖延超期；
    
  • 对复杂案件，可提前与法制部门沟通，预判立案风险。
    
• 对当事人：
  
  • 若认为立案超期，可要求生态环境部门出具《立案通知书》并注明立案日期，作为后续维权证据；
    
  • 在行政复议或诉讼中，重点审查立案程序是否合法。

总结：生态环境处罚案件的立案期限计算需结合具体程序规定，检查当天通常不计入，立案审批当天是否计入需看地方性法规。若涉及具体案件，建议进一步提供案件发生地及细节，以便更精准分析。如有其他疑问，可直接向我咨询。