针对您提出的“非法转让土地由哪个部门查办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

在土地转让过程中，若涉及非法转让行为，主要由自然资源主管部门（原国土资源管理部门）负责查办。该部门在土地转让中起主导作用，其职责包括但不限于对土地转让的合法性进行全面审查，监督土地转让市场，防止非法转让和炒卖土地行为，并对违法行为进行查处。

具体来说，自然资源主管部门在发现非法转让土地行为时，有权采取一系列措施，包括但不限于责令停止非法转让行为、没收违法所得、罚款等。这些措施旨在维护土地市场的秩序和稳定，保护土地资源的合理利用。

此外，虽然自然资源主管部门是查办非法转让土地行为的主要部门，但在某些特定情况下，其他部门也可能涉及相关问题的处理。例如，如果非法转让的土地涉及农村集体土地或耕地，农业农村部门也可能根据相关规定进行协同处理。不过，在大多数情况下，自然资源主管部门仍然是查办非法转让土地行为的核心部门。

因此，如果您发现或怀疑存在非法转让土地的行为，建议您首先向当地的自然资源主管部门进行举报和反映。该部门将根据您的举报和反映，对相关情况进行调查和处理，以维护土地市场的秩序和稳定。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。