非法改变土地性质主要由自然资源部门（原国土资源管理部门）进行管理，同时可能涉及规划部门、建设部门以及环保部门等多个部门的协同管理。以下是对这一问题的详细解析：

1. 自然资源部门（核心管理部门）

   • 作用：自然资源部门是土地使用性质变更（包括非法改变土地性质的查处）的核心管理部门。
   • 具体职责：
     • 核实土地的权属情况和原使用性质登记信息，确保土地权益的合法性。
     • 对非法改变土地性质的行为进行调查、取证，并依法进行处罚，包括责令恢复原状、罚款等。
     • 若涉及合法变更土地使用性质，则办理用地手续，包括签订新的土地出让合同或补充协议，重新核算并补缴出让金差价，并对土地登记簿和土地证书上的土地使用性质进行变更登记。

2. 规划部门

   • 作用：规划部门在土地使用性质变更中起到关键的引导和审核作用，对于非法改变土地性质的行为，规划部门也会参与评估其是否符合城市整体规划。
   • 具体职责：
     • 审查土地使用性质变更（包括非法变更后的恢复）是否符合城市的功能分区、交通承载能力、公共服务设施配套等要求。
     • 出具规划意见，作为自然资源部门处理非法改变土地性质行为的依据。

3. 其他相关部门

   • 建设部门：若非法改变土地性质后涉及新的建设项目，建设部门会负责管理项目的建设工程，包括审查设计方案、颁发施工许可证等，但在非法改变土地性质的情况下，建设部门可能会拒绝颁发相关许可或要求恢复原状。
   • 环保部门：若非法改变土地性质可能对环境产生影响，环保部门会进行环境影响评价审批，评估污染物排放情况和对生态环境的影响，并要求建设单位（或土地使用者）采取相应环保措施或进行环境修复。

法律后果与建议：

• 法律后果：非法改变土地性质是违法行为，可能面临责令恢复原状、罚款、没收违法所得等行政处罚；若情节严重，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
• 建议：
  • 若您发现有人非法改变土地性质，应及时向当地自然资源部门举报，由自然资源部门依法进行查处。
  • 若您自己涉及土地使用性质的变更，应依法依规进行申请和审批，确保变更的合法性和合理性。
  • 在处理土地使用性质变更问题时，如有任何疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。

综上所述，非法改变土地性质是一个复杂的法律问题，涉及多个部门的协同管理。通过遵循上述流程和建议，可以确保土地使用性质的合法性和合理性，并维护您的合法权益。