结论：公司9月辞退员工，只发8月工资的行为是否合法，需视具体情况而定，但一般情况下，这种做法是不合法的。
一、从工资支付义务的角度分析
根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，员工为公司提供了劳动，公司就有义务支付相应的工资，且工资支付应当与劳动提供的时间相对应。
若员工在9月提供了劳动：
- 即使员工在9月被辞退，但只要其在9月提供了劳动，公司就应当支付9月的工资。
- 只发8月工资而忽略9月工资的做法，违反了工资支付义务，是不合法的。
若员工在9月未提供劳动（如因公司原因提前通知辞退且未安排工作）：
- 即便如此，如果辞退决定在9月作出且未提前足够时间通知（如未提前30日书面通知），公司可能仍需支付9月的工资作为代通知金或经济补偿的一部分，具体取决于辞退的合法性和程序。
- 仅支付8月工资而未考虑9月的情况，同样可能构成违法。
二、从辞退程序和补偿的角度分析
辞退员工不仅涉及工资支付问题，还涉及辞退程序和补偿问题。
合法辞退：
- 如果公司按照法定程序（如提前30日书面通知、支付经济补偿等）辞退员工，且员工同意，那么工资支付应当按照双方约定和法律规定进行。
- 但即便如此，如果辞退发生在9月，公司通常也需要支付至辞退日的工资，而不仅仅是8月的工资。
非法辞退：
- 如果公司非法辞退员工（如未提前通知、未支付经济补偿等），员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
- 在这种情况下，公司只发8月工资而忽略9月及可能的赔偿金，显然是不合法的。
三、建议与行动
与公司协商：
- 员工可以先与公司协商，要求公司支付应得的工资和可能的补偿。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 在整个过程中，员工可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
作为张启阳律师，我提醒您，遇到此类问题，务必保持冷静，通过合法途径维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。