台风天休息要抵扣加班工时，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若台风天休息属于法定假日或休息日，且未安排工作：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，法定假日和休息日是劳动者依法享有的休息时间，用人单位不得随意剥夺。若台风天被政府宣布为停工日或属于法定假日、休息日，且用人单位未安排劳动者工作，则不应将此休息时间抵扣加班工时。因为加班工时是指劳动者在正常工作时间之外，因工作需要而延长的工作时间，与法定假日或休息日的休息性质完全不同。
若台风天休息是用人单位单方面安排，且非法定假日或休息日：
- 在这种情况下，如果用人单位未经劳动者同意，单方面将台风天的休息时间抵扣加班工时，可能涉及侵犯劳动者的合法权益。劳动者有权要求用人单位按照实际加班情况支付加班费，或者不抵扣其应享有的休息时间。因为劳动者的工作时间和休息时间应当受到法律的严格保护，用人单位不得随意变更。
若劳动合同或规章制度中有明确规定：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了台风天等特殊情况下的休息时间可以抵扣加班工时，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这一做法可能是合法的。但需要注意的是，这样的规定必须经过劳动者的同意，并且不得违反法律法规的公平、公正原则。否则，劳动者有权提出异议，并要求用人单位予以纠正。
法律建议：
- 劳动者在遇到此类情况时，应首先查看自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解是否有相关规定。
- 如果认为用人单位的做法侵犯了自己的合法权益，可以与用人单位进行协商，要求其纠正不当做法。
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果用人单位未经劳动者同意，单方面将台风天的休息时间抵扣加班工时，且违反了相关法律法规，那么用人单位可能面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 同时，劳动者也有权要求用人单位支付应得的加班费，或者要求不抵扣其应享有的休息时间。如果用人单位拒绝履行，劳动者可以通过法律途径追究其法律责任。
综上所述，台风天休息要抵扣加班工时是否合法，需根据具体情况来判断。劳动者在遇到此类情况时，应了解自己的权益和法律法规的规定，必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。