台风停工扣加班费是不合理的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面
根据《山东省企业工资支付规定》等相关法律法规，加班工资的计算基数应为劳动者本人上月工资扣除加班费后的应发工资数额，即实发工资数额加社会保险费及住房公积金个人承担部分、个税等。这一规定明确了加班工资的计算方式，但并未提及因台风等不可抗力因素导致的停工可以扣除加班费。
同时，从劳动法的角度来看，劳动者在提供正常劳动的情况下，有权获得相应的劳动报酬。台风停工属于不可抗力因素导致的停工，并非劳动者原因造成的，因此用人单位无权因此扣除劳动者的加班费。
二、合同层面
劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在劳动合同中，通常会约定劳动者的工资构成、支付方式以及加班工资的计算方法等。如果劳动合同中没有明确规定因台风等不可抗力因素导致的停工可以扣除加班费，那么用人单位擅自扣除加班费就可能构成违约行为。
三、实际操作层面
在实际操作中，用人单位应当遵循公平、公正的原则，合理处理因台风等不可抗力因素导致的停工问题。如果用人单位因为台风停工而扣除劳动者的加班费，可能会引发劳动者的不满和争议，甚至导致劳动纠纷的发生。这不仅会影响用人单位的声誉和形象，还可能给用人单位带来不必要的法律风险和经济损失。
四、建议与措施
与用人单位协商：如果发现用人单位因台风停工而扣除了加班费，劳动者可以首先与用人单位进行协商，要求用人单位按照法律规定和劳动合同约定支付加班费。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门无法解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，台风停工扣加班费是不合理的。如果您遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。