一般情况下，因台风停工公司扣年假是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律依据层面
根据《职工带薪年休假条例》第五条规定，单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。这意味着年休假的安排需要单位考虑生产情况以及员工意愿。因台风等不可抗力因素导致的放假，并非员工主动申请休假，公司强行扣年假的做法不符合该条例规定，损害了员工的合法权益。同时，政府发布的消息通常是建议或要求企业在台风期间保障员工安全、合理安排工作或放假等，并非赋予企业扣员工年假的权力。所以，在这种情况下，公司扣年假的行为缺乏法律依据。
特殊情况层面
如果公司的规章制度或劳动合同中明确约定了在类似不可抗力因素导致的停工、放假等特殊情况下，公司有权安排员工休年假，并且员工知晓并认可该规定，那么公司扣年假的行为可能具有一定的合理性。但前提是公司已提前告知员工相关规定，且公司也应在后续的工作安排中，合理考虑员工的年休假权益，不能过度损害员工的利益。
员工应对措施
如果员工认为公司扣年假的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
举例说明：假设某公司因台风停工，未提前与员工协商就擅自扣除员工年假。员工小李认为公司行为不合法，他可以先与公司人力资源部门沟通，说明自己的情况并要求公司返还被扣除的年假。如果公司拒绝，小李可以向当地劳动监察大队投诉，提供相关证据（如公司通知、考勤记录等）。若劳动监察大队处理后公司仍不改正，小李还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向法院提起诉讼。
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