针对您提出的“在缓刑考验期内犯罪，但超过追诉时效怎么办”的问题，这是一个涉及刑法中缓刑考验期、追诉时效以及并罚规则等多个法律概念的复杂问题。以下是我根据相关法律条文和司法实践，为您提供的详细解答：
一、缓刑考验期内犯新罪的法律后果
根据我国刑法第七十七条的规定，被宣告缓刑的犯罪分子在缓刑考验期限内犯新罪的，应当撤销缓刑，对新犯的罪作出判决，把前罪和后罪所判处的刑罚，依照刑法第六十九条的规定，决定执行的刑罚。这一规定明确了缓刑考验期内犯新罪的法律后果，即撤销缓刑并进行并罚。
二、追诉时效制度对缓刑考验期内犯新罪的影响
追诉时效制度是刑法中规定的一项重要制度，它限定了对犯罪进行追诉的有效期限。超过追诉时效的，司法机关不再享有求刑权、量刑权与行刑权。然而，这并不意味着犯罪事实本身被否定。对于缓刑考验期内犯新罪但已过追诉时效的情况，我们需要明确以下几点：
犯罪事实的客观性：已过追诉时效的犯罪本身是客观存在的事实，追诉时效制度无法否定这一客观事实。
对前罪缓刑考验的负面评价：尽管新罪已过追诉时效，但这一犯罪事实仍然对前罪的缓刑考验产生负面评价。因为缓刑考验期的目的之一就是考察犯罪分子是否具有再犯罪的危险，而犯新罪显然是对这一考察的否定。
三、具体处理原则
基于上述分析，对于缓刑考验期内犯新罪但已过追诉时效的情况，应当遵循以下处理原则：
撤销前罪缓刑：由于缓刑考验期内犯新罪是对缓刑适用条件的否定，因此应当撤销前罪的缓刑。
执行原判刑罚：撤销缓刑后，应当执行原判的刑罚。
并罚规则的适用：如果缓刑考验期满后又犯新罪，且考验期限内所犯新罪已过追诉时效，但考验期满后所犯新罪未过追诉时效的，应当撤销前罪缓刑，与考验期满后又犯新罪按照刑法第六十九条的规定进行并罚。但已过追诉时效的缓刑考验期限内所犯的新罪不再追诉、并罚。
四、特殊情况的处理
如果缓刑考验期满后又犯的新罪发生在缓刑考验期限内所犯新罪的追诉期限范围内的，根据刑法第八十九条第二款的规定，缓刑考验期限内所犯新罪的追诉期限应当从考验期满后又犯新罪之日起计算。此时，如果两新罪都没过追诉期限的，应当撤销前罪缓刑，与后两罪所判刑罚并罚。
总结
综上所述，对于缓刑考验期内犯新罪但已过追诉时效的情况，应当撤销前罪缓刑并执行原判刑罚。如果考验期满后又犯新罪且未过追诉时效的，还应当与后罪进行并罚。这一处理原则既体现了对犯罪分子人身危险性的评价，也符合刑法中缓刑考验期和追诉时效制度的立法目的。希望以上解答能够对您有所帮助。