在食品案件中，即使已经退还消费者款项，相关部门仍可能根据具体情况决定是否没收相关食品或违法所得。以下是对此问题的详细分析：
一、没收决定的依据
法律法规：根据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规，对于违反食品安全规定的行为，相关部门有权采取包括没收违法所得、违法生产经营的食品、食品添加剂以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品在内的行政处罚措施。这些措施的实施并不以是否退还消费者款项为前提。
违法行为的性质：没收决定的作出主要取决于违法行为的性质、情节以及社会危害程度。如果违法行为严重，即使已经退还消费者款项，相关部门仍可能认为有必要采取没收措施以维护市场秩序和公共利益。
二、可能涉及没收的情况
严重违法行为：如生产销售不符合安全标准的食品、过期食品、假冒伪劣食品等，这些行为直接威胁到消费者的健康和安全，相关部门通常会采取严厉的处罚措施，包括没收。
多次违法或拒不改正：对于多次违法或拒不改正的商家，相关部门可能会认为其主观恶性较大，社会危害性较高，因此即使已经退还消费者款项，也可能决定没收相关物品或违法所得。
涉及金额较大或影响恶劣：如果违法行为涉及的金额较大，或者造成了恶劣的社会影响，相关部门也可能会考虑采取没收措施以儆效尤。
三、例外情况
当然，也存在一些例外情况，即虽然发生了食品安全违法行为，但相关部门可能认为情节轻微、社会危害性较小，且商家已经积极退还消费者款项并采取了其他补救措施，因此决定不采取没收措施。然而，这种情况相对较少，且需要综合考虑多种因素。
四、建议与后续行动
积极配合调查：如果商家面临食品安全违法行为的调查，应积极配合相关部门的工作，如实提供情况说明和证据材料。
主动采取补救措施：在发现违法行为后，商家应主动采取补救措施，如退还消费者款项、召回问题食品等，以减轻社会危害性和主观恶性。
寻求法律帮助：如果商家对没收决定有异议或认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助，通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。
如有任何关于食品安全法律问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。