单位停工期间扣工资是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
协商一致：
- 若用人单位与劳动者经平等协商，就停工期间工资支付达成一致意见，且不违反法律法规的强制性规定，那么停工期间扣工资（或调整工资支付方式）是合法的。例如，因企业生产经营调整需暂时停工，与员工充分沟通后，员工同意在停工期间暂停工资发放或接受较低的工资标准，待恢复生产后再进行工作安排和工资补发。
法定情形停工：
- 不可抗力因素：如地震、洪水等自然灾害或战争、社会动乱等社会异常事件导致企业无法正常生产，企业可停工并根据实际情况调整工资支付方式，但需保障劳动者基本生活。这种情况下，扣工资或调整工资支付方式可能是合法的。
- 政府行政命令：政府基于公共利益或特定政策要求企业停工停产，企业按照政府要求执行停工，期间的工资调整（包括扣工资）属合法范围，但应对员工做出合理安置或补偿。
- 企业经营严重困难：企业出现生产经营严重困难，如资金链断裂、市场萎缩等情况，经过法定程序（如向工会或职工代表说明情况，听取意见等）后，可对员工进行停工放假，并按规定支付工资或生活费。若生活费低于正常工资标准，且符合法律法规及双方协商的结果，那么扣工资是合法的。
工伤停工留薪期：
- 根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。因此，在工伤停工留薪期内，扣工资是违法的。
二、不合法情况
未经协商单方决定：
- 用人单位未经与劳动者协商，擅自单方面决定停工期间扣工资，侵犯了员工的合法权益，属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。
以停工停薪逼迫员工离职：
- 用人单位为避免支付经济补偿金等费用，采用停工停薪方式逼迫员工主动离职，明显违反法律规定。劳动者可通过法律途径维护自己的权益，如向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
违反非工伤停工停产规定：
- 非因劳动者原因造成单位停工、停产时，若单位未按规定支付劳动者工资或生活费（包括扣工资），则构成违法行为。具体支付标准依据停工停产的原因、期限及劳动者是否提供正常劳动来确定。
三、劳动者权益保护
解除劳动合同与经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若用人单位未按照劳动合同约定提供劳动条件或未及时足额支付劳动报酬（包括停工期间扣工资），劳动者可以解除劳动合同并要求支付经济补偿金。经济补偿的计算标准按照员工在单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
劳动争议处理：
- 劳动者与用人单位因停工期间工资支付发生争议时，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。建议劳动者在争议发生时，及时收集相关证据（如工资条、停工通知、协商记录等），以便在后续处理中维护自己的权益。
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