结论：公司在支付员工工资时，扣除五险一金后工资为零，这一做法是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但特定情形下可能合法。
一、一般情况下不合法
最低工资标准保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。
- 如果扣除五险一金后，员工的实发工资低于当地最低工资标准，那么公司的做法就是违法的。因为五险一金的扣除不能成为降低员工实发工资至最低工资标准以下的理由。
五险一金的缴纳义务：
- 五险一金（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金）的缴纳是用人单位和员工的共同义务。但缴纳比例和基数有明确规定，不能随意调整。
- 如果公司以扣除五险一金为由，将员工工资扣至零，这实际上是在逃避支付最低工资的责任，违反了劳动法的规定。
二、特定情形下可能合法（但极为罕见）
员工同意并签署相关协议：
- 在极少数情况下，如果员工自愿同意在特定时期内（如试用期、项目期等）接受低于最低工资标准的工资，并签署了相关协议，那么这种做法可能在法律上被视为合法。但这种情况非常罕见，且需要满足严格的法律条件。
- 即便如此，这种协议也不能违反法律的强制性规定，如不能长期持续，且必须保障员工的基本生活需求。
特殊行业或岗位的特殊规定：
- 在某些特殊行业或岗位中，可能存在关于工资支付的特殊规定。但这些规定通常不会允许公司完全不支付工资或支付低于最低工资标准的工资。
三、法律建议
核对工资条和劳动合同：
- 员工应仔细核对工资条，确保五险一金的扣除符合法律规定和劳动合同的约定。如果发现扣除过多或实发工资低于最低工资标准，应及时与公司沟通。
与公司协商或投诉：
- 如果与公司沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 在必要情况下，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更详细的法律建议和帮助。
总结：公司在支付员工工资时扣除五险一金后工资为零的做法，在一般情况下是不合法的。员工应了解自己的权益和法律规定，及时与公司沟通或寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。