针对您提出的“违规归集员工工资但是被制止退还了，要怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

一、法律背景与违规性质

首先，我们需要明确“违规归集员工工资”这一行为的法律性质。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。违规归集员工工资，可能涉及克扣工资、未按时支付工资等违法行为，这些行为都损害了劳动者的合法权益。

二、已制止并退还的处理原则

既然您已经提到该行为被制止且工资已退还，那么从法律上讲，这一行为对劳动者的直接损害已经得到了一定程度的弥补。然而，这并不意味着用人单位可以完全免责。因为违规归集工资的行为本身已经违反了法律规定，用人单位仍需承担相应的法律责任。

三、具体处理建议

1. 内部整改与制度完善：

   • 用人单位应立即进行内部整改，确保今后不再发生类似违规行为。
   • 完善工资支付制度，明确工资支付流程、时间节点和责任人，确保工资支付的合法性和规范性。

2. 与劳动者沟通协商：

   • 用人单位应主动与受影响的劳动者进行沟通，解释违规归集工资的原因、已采取的补救措施以及今后的改进计划。
   • 听取劳动者的意见和建议，积极回应劳动者的关切，以维护良好的劳动关系。

3. 接受劳动监察部门的调查与处理：

   • 如果劳动监察部门已经介入调查，用人单位应积极配合，提供相关证据和资料。
   • 根据劳动监察部门的处理意见，及时整改并接受相应的处罚（如罚款、警告等）。

4. 预防法律风险：

   • 用人单位应加强对劳动法律法规的学习和培训，提高管理人员的法律意识和合规意识。
   • 定期进行自查自纠，及时发现并纠正潜在的违规行为，以预防法律风险的发生。

四、可能的法律后果

如果用人单位未按照上述建议进行处理，或者违规行为情节严重，可能会面临以下法律后果：

• 行政处罚：劳动监察部门有权对用人单位进行罚款、警告等行政处罚。
• 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付被克扣或拖欠的工资，并可能要求支付赔偿金。
• 信誉损失：违规行为可能损害用人单位的商业信誉和形象，影响其与劳动者、客户及合作伙伴的关系。

总结与建议：

针对您的情况，我建议您首先确保工资已经全额退还给劳动者，并立即进行内部整改和制度完善。同时，与受影响的劳动者进行积极沟通协商，以维护良好的劳动关系。如果劳动监察部门已经介入调查，请积极配合并接受相应的处理。最后，加强劳动法律法规的学习和培训，预防类似违规行为的发生。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。