单位不能以员工提供假学历为由拒绝支付违法辞退的赔偿金。以下是对此问题的详细分析：
一. 单位违法辞退的责任
- 单位在辞退员工时，必须遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。若单位违反法律规定辞退员工，即构成违法辞退，需承担相应的法律责任，包括支付赔偿金。
二. 员工提供假学历的后果
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立的劳动合同无效。员工提供假学历属于欺诈行为，理论上可能导致劳动合同无效。
- 然而，劳动合同无效与单位违法辞退是两个独立的法律问题。即使劳动合同因员工提供假学历而无效，这并不能免除单位因违法辞退而应承担的赔偿责任。
三. 赔偿责任的独立性
- 单位违法辞退的赔偿责任是基于其违法行为而产生的，与员工是否提供假学历无直接关联。
- 因此，单位不能以员工提供假学历为由，拒绝支付因违法辞退而产生的赔偿金。
综上所述，单位在违法辞退员工后，不能以员工提供假学历为由拒绝支付赔偿金。这两者是独立的法律问题，应分别处理。单位应依法承担违法辞退的赔偿责任，而员工提供假学历的问题，单位可以通过其他合法途径解决，如向劳动争议仲裁机构或人民法院申请确认劳动合同无效等。如有进一步需要，您可以继续咨询我。