补发工资三年后，应当并入综合所得计算个人所得税，并遵循相关税法规定进行申报和缴纳。

一. 补发工资的税务处理

补发工资属于个人的工资、薪金所得，根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条，应当缴纳个人所得税。同时，根据该法第六条，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。因此，补发的工资需要并入补发当年的综合所得，按照上述规定计算应纳税所得额。

• 例如，若某人在2020年应获得工资10万元，但实际只发放了8万元，剩余2万元在2023年补发。那么，这2万元需要并入2023年的综合所得，按照该年的税法规定计算应纳税所得额。

二. 补发工资的个税计算

1. 确定应纳税所得额：根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条，补发的工资需要并入补发当年的综合所得，然后减除费用六万元、专项扣除、专项附加扣除等，得到应纳税所得额。

2. 选择税率：根据《中华人民共和国个人所得税法》第三条，综合所得适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。根据应纳税所得额的大小，选择对应的税率和速算扣除数。

3. 计算个税：使用应纳税所得额乘以税率，再减去速算扣除数，得到应缴纳的个税金额。

• 计算公式：应缴纳个税 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数

三. 注意事项

1. 补发工资的个税计算需要遵循税法规定，确保正确申报和缴纳。
2. 如果补发工资涉及多个纳税年度，需要分别计算每个年度的应纳税所得额和应缴纳个税。
3. 专项扣除和专项附加扣除等需要按照税法规定进行申报和扣除。

综上所述，补发工资三年后的个税计算需要并入补发当年的综合所得，按照税法规定计算应纳税所得额和应缴纳个税。如有进一步需要，您可以继续咨询我。