996工作制如果违反法律规定，劳动者可以申请劳动仲裁。具体分析如下：

一. 996工作制与法律规定

1. 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这表明，标准的工作时间应为每日8小时，每周44小时。
2. 根据《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，职工每日工作8小时，每周工作40小时。这进一步明确了职工的工作时间上限。
3. 《中华人民共和国劳动法》第三十九条规定，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，需经劳动行政部门批准，方可实行其他工作和休息办法。这意味着，即使企业有特殊需求，也需经过批准才能实施非标准工时制度。

二. 996工作制与劳动仲裁

1. 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因工作时间发生的争议属于劳动争议，适用该法。因此，如果996工作制违反了上述法律规定，劳动者有权申请劳动仲裁。
2. 劳动者在申请劳动仲裁前，可以尝试向本单位劳动争议调解委员会申请调解。调解不成或劳动者直接选择仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

综上所述，如果996工作制违反了法律规定的工时制度，劳动者完全有权申请劳动仲裁。我建议劳动者在申请劳动仲裁前，先了解清楚本单位的工时制度是否经过批准，并收集好相关证据，以便在仲裁过程中维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。