针对您提出的问题——公司查出几年前货物数值有问题，怀疑有人做手脚但又查不出，我们可以从以下几个角度进行分析和给出建议：
一、法律层面的初步分析
证据收集与固定：
- 在法律程序中，证据是核心。若公司怀疑货物数值有问题且有人为操作，首先需确保有充分的证据支持这一怀疑。这包括但不限于货物出入库记录、财务报表、监控录像、员工通讯记录等。
- 若当前证据不足，公司应考虑是否有可能通过合法途径（如内部调查、审计、询问相关员工等）进一步收集证据。
内部调查与纪律处分：
- 在证据收集阶段，公司可以启动内部调查程序，由专门的调查小组或委托外部机构进行调查。
- 若调查发现确实存在违规行为，公司可以根据内部规章制度对相关责任人进行纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
法律追责的可能性：
- 若怀疑的违规行为涉及违法（如贪污、挪用资金、伪造财务记录等），且证据充分，公司可以考虑向公安机关报案，追究相关责任人的刑事责任。
- 同时，公司也可以考虑通过民事诉讼途径，要求违规行为人赔偿公司因此遭受的损失。
二、实际操作中的建议
加强内部控制与审计：
- 针对此次事件，公司应反思并加强内部控制机制，确保货物数值、财务报表等关键信息的准确性和完整性。
- 定期进行内部审计，及时发现并纠正可能存在的问题。
员工培训与教育：
- 加强对员工的法律意识和职业道德教育，提高员工对违规行为的认识和警惕性。
- 明确告知员工违规行为的后果，包括法律追责和内部纪律处分。
考虑外部专业帮助：
- 若公司内部资源有限或调查遇到困难，可以考虑聘请外部律师、会计师或侦探机构进行协助。
- 外部专业机构可能具有更丰富的经验和更专业的技能，有助于公司更有效地解决问题。
三、可能面临的法律后果与风险
证据不足的风险：
- 若公司无法收集到充分的证据支持其怀疑，可能面临无法追究相关责任人法律责任的风险。
- 因此，公司在调查过程中应确保证据的合法性和充分性。
内部矛盾与冲突：
- 内部调查可能引发员工之间的矛盾和冲突，影响公司的正常运营和团队氛围。
- 公司应在调查过程中保持公正和透明，尽量减少对员工的影响。
法律追责的成本与效益：
- 追究相关责任人的法律责任可能涉及较高的成本（如律师费、诉讼费等）和较长的时间周期。
- 公司应在决定是否追究法律责任前，充分评估成本与效益，做出合理的决策。
总结与建议：针对您提出的问题，公司首先应确保证据的充分性和合法性，然后考虑是否通过内部调查、纪律处分或法律追责等途径解决问题。同时，公司应加强内部控制与审计、员工培训与教育，并考虑在必要时寻求外部专业帮助。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。