针对您提出的问题，即公司查账有问题但员工有证据证明而公司不认可的情况，以下是我的详细分析和建议：
一、法律背景与原则
在处理此类纠纷时，我们首先要明确的是，证据的认定和采纳是法律程序中的核心环节。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，证据应当具有客观性、关联性和合法性，且能够证明案件事实。员工提供的证据，如果符合这些要求，理论上应当被采纳。
二、员工应对策略
确认证据的充分性与合法性：
- 员工应首先确保自己提供的证据是真实、合法且有效的。这包括但不限于财务记录、邮件往来、会议纪要等。
- 如果证据涉及电子数据，如电子邮件或聊天记录，应确保这些数据的完整性和未被篡改。必要时，可以进行公证或申请司法鉴定。
与公司进行进一步沟通：
- 在证据确凿的情况下，员工可以尝试与公司进行更深入的沟通，明确指出查账中的问题，并要求公司给予合理的解释和纠正。
- 沟通时，建议采用书面形式，如邮件或信函，以便留下证据。
寻求内部调解或第三方协助：
- 如果公司内部沟通无果，员工可以考虑寻求公司内部的调解机制，如工会或人力资源部门。
- 同时，也可以考虑邀请第三方机构，如会计师事务所或律师事务所，进行独立的财务审查或法律咨询，以提供更客观的意见。
考虑法律途径：
- 如果上述方法均无法解决问题，员工可以考虑通过法律途径维护自己的权益。这包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼前，建议员工咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性和潜在的法律风险。
三、公司可能的态度与应对
公司可能坚持己见：
- 公司可能出于各种原因（如保护内部管理、避免法律责任等）而坚持不认可员工的证据。在这种情况下，员工需要保持冷静，坚持通过合法途径解决问题。
公司可能提出反证：
- 公司可能会提供相反的证据来反驳员工的指控。这时，员工需要仔细审查这些反证，评估其真实性和合法性，并准备相应的反驳意见。
公司可能寻求和解：
- 在某些情况下，公司可能会意识到问题的严重性，并主动寻求与员工和解。这时，员工可以根据自己的利益和诉求，考虑是否接受和解，并确保和解协议的内容明确、合法且有效。
四、法律后果与风险提示
- 如果员工胜诉：公司可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、恢复名誉等。同时，公司的内部管理也可能受到相关部门的监督和整改。
- 如果员工败诉：员工可能需要承担诉讼费用等经济损失，且其指控可能无法得到法律的支持。因此，在提起诉讼前，员工应充分评估案件的胜诉可能性和潜在的法律风险。
建议您：在处理此类纠纷时，保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我会尽我所能为您提供专业的法律建议和支持。