结论：当员工举证公司克扣工资而公司不承认时，员工可以通过收集证据、与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的权益。以下是对这一问题的详细分析：

一、收集证据

员工在主张公司克扣工资时，首先需要收集充分的证据来证明自己的主张。这些证据可以包括：

1. 工资条或银行流水：这是最直接的证据，可以显示员工每月应得的工资数额以及实际收到的工资数额。如果工资条或银行流水显示实际收到的工资少于应得工资，那么就可以作为公司克扣工资的证据。
2. 劳动合同或聘用协议：劳动合同中通常会明确约定员工的工资标准、支付方式等条款。如果公司违反了这些条款，员工就可以依据劳动合同来主张自己的权益。
3. 其他相关证据：如公司内部的工资发放记录、考勤记录、工作绩效评估等，这些证据也可以辅助证明公司是否存在克扣工资的行为。

二、与公司协商

在收集到充分证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司补发被克扣的工资。在协商过程中，员工可以出示自己收集的证据，以证明公司确实存在克扣工资的行为。如果公司愿意承认并补发工资，那么问题就可以得到圆满解决。

三、申请劳动仲裁

如果与公司协商无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，员工需要提交仲裁申请书以及相关证据材料。劳动仲裁机构会依法进行审理，并作出裁决。如果裁决支持员工的主张，那么公司就需要按照裁决结果补发被克扣的工资。

劳动仲裁流程要点（依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》相关规定）：

1. 申请时效：自知道或应当知道权益受损之日起1年内提出
2. 管辖机构：用人单位所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会
3. 裁决效力：仲裁裁决为终局裁决（标的额不超过当地月最低工资标准12个月金额）或可起诉裁决（其他情形）

四、提起诉讼

如果员工对劳动仲裁机构的裁决结果不满意，或者公司拒绝履行裁决结果，员工还可以向人民法院提起诉讼。在提起诉讼时，员工需要提交起诉状以及相关证据材料。人民法院会依法进行审理，并作出判决。如果判决支持员工的主张，那么公司就需要按照判决结果补发被克扣的工资，并可能承担额外的法律责任。

诉讼风险提示：

1. 需在收到仲裁裁决书之日起15日内起诉
2. 诉讼费用由败诉方承担（但员工作为劳动者可申请司法救助）
3. 需注意诉讼时效（民事诉讼时效为3年）

五、法律后果

如果公司确实存在克扣工资的行为，那么除了需要补发被克扣的工资外，还可能面临以下法律后果：

1. 行政处罚：劳动行政部门可以责令公司支付工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
2. 民事赔偿：如果公司克扣工资的行为给员工造成了其他损失（如精神损害等），员工还可以要求公司承担相应的民事赔偿责任。

在处理此类纠纷时，建议员工保持冷静，依法维权。如果遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。