若公司查出几年前货物数值有问题，但怀疑有人做手脚却又查不出具体证据，可能会面临以下几种情况和法律后果：
内部管理层面：
- 调查与纪律处分：公司可以继续进行内部调查，尝试通过访谈、审查相关记录、监控等方式收集更多线索。如果最终仍无法确定具体责任人，但公司有合理的怀疑基础，可能会根据内部规章制度对相关岗位或部门进行纪律处分或警告，以儆效尤。
- 制度完善：此次事件也暴露出公司在货物管理、内部控制等方面可能存在的漏洞。公司应借此机会完善相关制度，加强监督和管理，防止类似事件再次发生。
法律层面：
- 证据不足，难以追究法律责任：在法律上，要追究某人的法律责任，必须有充分的证据支持。如果公司无法提供足够的证据证明是某人故意做手脚导致货物数值有问题，那么很难通过法律途径追究其责任。这包括刑事责任（如诈骗、贪污等）和民事责任（如赔偿损失）。
- 诉讼时效问题：此外，还需要考虑诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年（特殊情况可延长）。如果货物数值问题发生在几年前，且已经超过了诉讼时效期间，那么即使公司后来发现了问题并想要追究责任，也可能因为时效已过而无法得到法律的支持。
建议与应对措施：
- 加强证据收集与保存：公司应尽可能收集并保存与货物数值问题相关的所有证据，包括但不限于交易记录、出入库单、监控录像等。这些证据在未来可能发生的法律纠纷中至关重要。
- 咨询专业律师：鉴于此类问题的复杂性和敏感性，公司应咨询专业律师的意见。律师可以根据公司的具体情况和法律法规，提供针对性的法律建议和解决方案。
- 考虑和解或调解：如果公司认为与相关责任人之间的纠纷有可能通过和解或调解解决，那么可以考虑这种方式。和解或调解可以节省时间和成本，同时也有助于维护公司的声誉和关系。
若公司遇到此类情况，应谨慎处理，既要积极调查真相，又要遵守法律法规和内部规章制度。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。