结论前置：合同不执行且对方包赔公司款项时，是否需要开发票需分情况讨论，具体如下：

1. 赔偿款属于合同违约赔偿性质
   若赔偿款是因对方未履行合同义务（如未按时交货、未完成服务等）而支付的违约金或损失赔偿，根据《增值税暂行条例》及税法规定，不属于增值税应税范围，无需开具发票。此时，公司可通过书面协议、违约通知、损失计算依据等材料证明赔偿性质，作为财务入账凭证。

2. 赔偿款涉及货物或服务返还
   若赔偿款包含退货款、服务费退还等，且原合同已开具发票，需根据《发票管理办法》处理：

   • 若原发票未抵扣，可协商红冲或作废；
     
   • 若已抵扣，需由对方开具红字发票，公司再开具退款凭证。
     此类情况需保留退货协议、物流单据等证据，避免税务风险。

3. 赔偿款以“补偿款”名义支付但实质为价款
   若双方通过协议将赔偿款包装为“补偿款”，但实际是合同价款的补充（如补足货款差额），则可能被税务机关认定为价外费用，需按原合同税率开具发票。此时需结合合同条款、付款记录等综合判断性质。

实务建议：

• 明确赔偿协议条款，注明款项性质（如“违约金”“损失赔偿”）；
  
• 保留合同、违约证据、沟通记录等材料；
  
• 若涉及大额赔偿，建议提前与税务机关沟通确认性质。
  

如有具体合同或赔偿细节，可进一步向我咨询，我会结合条款和税法规定为您分析。