关于公司赔偿公司的款项是否需要开发票以及是否合法的问题，这主要取决于赔偿款的性质及其与增值税应税行为的关系。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿款性质与发票开具的基本原则
赔偿款通常是由于一方违约、侵权或对另一方造成损失而支付的款项。根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票主要用于记录经营活动，并作为税务申报的依据。因此，如果赔偿款不属于经营活动范畴内的款项，一般不需要开具发票。
二、属于增值税应税范围的赔偿
情况说明：
- 如果赔偿款与销售货物、提供应税劳务、销售应税服务等增值税应税行为直接相关，例如因产品质量问题给予购买方的赔偿，这种赔偿本质上属于对销售价款的调整或补充。
发票开具要求：
- 在这种情况下，销售方需要将赔偿款并入销售额，并按照规定向购买方开具发票。例如，企业销售一批货物后，因质量瑕疵给予购货方一定金额的赔偿，此时销售方应按折让后的金额重新开具发票或开具红字发票冲减销售额。
税务处理：
- 此类赔偿款应计入应税收入，并按照相关规定缴纳增值税。
三、不属于增值税应税范围的赔偿
情况说明：
- 当赔偿款不属于增值税应税范围时，如因合同违约支付的违约金、因侵权行为给予的赔偿等，这些赔偿并非是基于商品购买或服务提供的交易行为，而是基于法律规定或双方协商的补偿行为。
发票开具要求：
- 在此情况下，收款方通常不需要向付款方开具发票。取而代之的是，收款方可以开具收款收据，并附上相关赔偿协议、判决书等资料作为收款凭证。
税务处理：
- 此类赔偿款一般不计入应税收入，因此不需要缴纳增值税。但企业所得税方面，与取得收入有关的支出（包括赔偿款）可以凭收据等合法有效凭证在企业所得税税前扣除。
四、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如法院判决书或调解书明确要求支付方将赔偿款支付给第三方（如受害者），且支付方只是起到代收代付的作用，那么支付方在支付给第三方时可以要求第三方开具收款收据作为入账凭证。这种情况下，虽然涉及到了资金的流动，但本质上仍然不属于经营活动，因此不需要开具发票。
五、合法性与合规性建议
- 合法性：赔偿款的支付和接收本身是合法的，只要它是基于法律规定或双方协商的补偿行为。
- 合规性：为了确保合规性并避免潜在的税务风险，建议企业在处理赔偿款时务必咨询专业税务机构或律师。他们可以根据具体情况提供准确的税务处理建议，并帮助企业制定合规的财务和税务策略。
综上所述，公司赔偿公司的款项是否需要开发票取决于赔偿款的性质及其与增值税应税行为的关系。对于属于增值税应税范围的赔偿，销售方应按规定开具发票；而对于不属于增值税应税范围的赔偿，则无需开具发票，但需通过其他凭证来证明款项的支付情况。