结论：公司因侵权赔偿给另一公司时，一般不需要开具发票，但需要确保赔偿协议的合法性和赔偿款项的合规支付，并保留好相关证据。
分析说明：
发票的开具规定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票是在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。
- 在公司侵权赔偿的情境中，赔偿并非基于购销商品或提供服务等经营活动，而是基于侵权行为产生的法律责任。因此，从发票的定义和开具规定来看，侵权赔偿并不属于需要开具发票的范畴。
赔偿协议的合法性：
- 虽然不需要开具发票，但公司之间因侵权行为产生的赔偿，应当通过合法有效的赔偿协议来明确双方的权利和义务。
- 赔偿协议应详细列明赔偿的原因、金额、支付方式、支付时间等关键条款，以确保赔偿的合法性和有效性。
赔偿款项的合规支付：
- 赔偿款项的支付应当通过银行转账等合规方式进行，避免使用现金等难以追踪的支付方式。
- 支付时，应在转账备注中明确注明“侵权赔偿款”等字样，以便后续核对和查证。
保留相关证据：
- 公司应保留好与侵权赔偿相关的所有证据，包括侵权行为的证据、赔偿协议的原件、支付凭证等。
- 这些证据在后续可能出现的法律纠纷中，将起到至关重要的作用。
特殊场景：
- 如果侵权赔偿中包含了因侵权行为导致的直接经济损失（如货物损失、维修费用等），且这些损失原本可以开具发票的，那么在实际操作中，可能会涉及到与受损方协商开具红字发票或相关证明文件的问题。但这种情况并不改变侵权赔偿本身不需要开具发票的基本原则。
后续行动建议：
- 公司应加强对侵权行为的预防和管理，避免类似事件的发生。
- 一旦发生侵权行为，应及时与受损方协商赔偿事宜，并签订合法有效的赔偿协议。
- 在支付赔偿款项时，应确保支付方式的合规性，并保留好相关证据。
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