可以提起行政复议，但需注意复议期限的特殊规定。针对您提出的“违规立项但超两年已失效，被侵权人才知道，是否还可以提起行政复议”的问题，以下从多个角度进行分析：
一、行政复议的基本期限规定
通常情况下，根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。这是行政复议期限的一般规定。
二、针对您情况的特殊分析
违规立项行为的失效：
- 违规立项行为虽然已经超过两年并失效，但这并不直接影响您提起行政复议的权利。行政复议的目的是对具体行政行为的合法性进行审查，而非仅仅针对其效力状态。
被侵权人知道侵权的时间点：
- 关键在于您何时知道或应当知道该违规立项行为侵犯了您的合法权益。根据行政复议法的规定，复议期限是从您知道该具体行政行为之日起计算的。因此，即使违规立项行为已经失效，只要您是在知道侵权行为后的六十日内（或法律规定的更长期限内）提出复议申请，就是符合法律规定的。
复议期限的延长与中断：
- 在某些特殊情况下，如因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。但这一规定需要您能提供充分的证据来证明存在不可抗力或其他正当理由。
- 需要注意的是，行政复议期限一般不存在中断的情形，即不会因为您向相关部门反映情况、咨询法律意见等行为而中断并重新计算。
三、法律建议与操作指南
尽快收集证据：
- 包括违规立项的相关文件、您知道侵权行为的时间证明（如邮件、短信、证人证言等），以及该行为对您造成的具体损害等。
撰写行政复议申请书：
- 明确复议请求、事实与理由，并附上相关证据材料。申请书应清晰、准确地表达您的诉求和依据。
向有管辖权的行政复议机关提交申请：
- 根据违规立项行为的性质和涉及部门，确定有管辖权的行政复议机关，并按照其要求提交申请材料。
关注复议进展并适时补充材料：
- 在复议过程中，保持与行政复议机关的沟通，及时了解复议进展，并根据需要补充相关材料或提供进一步说明。
总结来看，即使违规立项行为已经超过两年并失效，只要您是在知道侵权行为后的法定期限内提出行政复议申请，并附上充分证据支持您的诉求，就是有可能获得行政复议机关的支持的。因此，建议您尽快行动起来，收集证据并撰写行政复议申请书，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。