不是合同甲方付款，而是其他公司付款，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务原则上仅约束合同当事人。若合同中明确约定了付款方为甲方，那么原则上应由甲方履行付款义务。
   • 若其他公司代为付款，且得到了合同双方的明确同意（如通过补充协议、书面确认等方式），则这一行为是合法的。因为此时合同双方已经就付款主体的变更达成了合意，不违反合同的相对性原则。
   • 若其他公司未经合同双方同意，擅自代为付款，则可能构成违约或不当得利。因为此时付款行为并未得到合同双方的认可，可能损害合同一方的利益。

2. 第三方代为履行：

   • 在某些情况下，即使合同中没有明确约定，第三方也可能根据法律规定或合同双方的约定代为履行合同义务。这通常发生在合同双方同意由第三方代为履行，且该履行不损害合同双方利益的情况下。
   • 若其他公司代为付款符合第三方代为履行的条件（如得到了合同双方的同意，且履行行为合法合规），则这一行为是合法的。
   • 若不符合第三方代为履行的条件（如未经合同双方同意，或履行行为存在违法违规情况），则可能构成违约或侵权。

3. 法律后果与风险：

   • 若其他公司代为付款行为合法，则合同双方应按照约定履行各自的义务，不得因付款主体的变更而拒绝履行或要求变更合同内容。
   • 若其他公司代为付款行为违法，则可能面临法律责任，如违约责任、侵权责任等。同时，合同一方也可能因此遭受损失，如因付款延迟导致的利息损失、因付款主体不符导致的交易风险等。

建议与风险提示：

• 在合同履行过程中，若涉及付款主体的变更，建议合同双方及时签订补充协议或进行书面确认，以明确付款主体的变更及双方的权利义务。
• 若其他公司代为付款行为存在争议或风险，建议及时咨询专业律师，以评估法律后果并采取相应的法律措施。

具体操作建议：

• 审查合同条款，确认合同中是否对付款主体有明确约定。
• 若需变更付款主体，建议与合同另一方协商并签订补充协议或进行书面确认。
• 保留相关证据，如付款凭证、书面确认文件等，以备不时之需。

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