结论：两公司签订合同，工程款由甲方直接给施工头付款，这种做法是否合法不能一概而论，需结合具体情况分析。

1. 合同约定优先

• 核心要点：如果两公司在合同中明确约定工程款由甲方直接支付给施工头（即实际施工人），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种付款方式是合法的。
• 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方可以自由约定合同内容，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即有效。因此，如果合同中有明确约定，且该约定合法，那么甲方直接向施工头付款是合法的。

2. 合同未约定或约定不明

• 核心要点：如果合同中没有明确约定工程款由甲方直接支付给施工头，或者约定不明，那么这种付款方式可能存在法律风险。
• 法律分析：
  • 合同相对性原则：根据合同相对性原则，合同一般只约束合同双方当事人。在建设工程合同中，通常是由发包方（甲方）与承包方（施工公司）签订合同，工程款也应由甲方支付给施工公司。如果甲方直接向施工头付款，可能违反合同相对性原则，引发纠纷。
  • 实际施工人权益保护：虽然实际施工人（施工头）在特定情况下有权直接向发包方主张工程款（如《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》中的相关规定），但这通常是在承包方怠于行使权利或合同无效等特定情形下。在合同有效且未约定直接付款的情况下，甲方直接向施工头付款可能缺乏法律依据。

3. 潜在法律风险

• 核心要点：即使合同中有约定或实际施工人主张权利，甲方直接向施工头付款仍可能面临一些法律风险。
• 风险分析：
  • 承包方异议：如果承包方对甲方直接向施工头付款提出异议，可能引发纠纷。例如，承包方可能认为甲方未按照合同约定支付工程款，导致工程进度受阻或质量受损。
  • 税务问题：甲方直接向施工头付款可能涉及税务问题。如果施工头未开具合法发票或未履行纳税义务，甲方可能面临税务风险。
  • 证据留存：甲方直接向施工头付款时，应确保留存充分的付款证据（如转账记录、收据等），以证明付款事实。否则，在后续纠纷中可能面临举证困难。

4. 建议

• 明确合同约定：为避免纠纷，建议在合同中明确约定工程款的支付方式、支付对象等关键条款。如果确实需要甲方直接向施工头付款，应在合同中明确约定并说明理由。
• 遵守法律法规：在付款过程中，应遵守相关法律法规和税务规定，确保付款行为的合法性和合规性。
• 留存付款证据：无论采用何种付款方式，都应留存充分的付款证据以备不时之需。

总结：两公司签订合同后，工程款由甲方直接给施工头付款是否合法需结合合同约定和具体情况分析。为避免纠纷和法律风险，建议在合同中明确约定付款方式并遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。