针对“关于上厕所时间久的员工怎么处理”这一问题，我们需要从法律、规章制度以及员工权益与管理权平衡的角度进行综合分析。
首先，从法律层面来看，《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。这一规定的关键在于两点：一是规章制度本身需合法有效，即需经民主程序制定、内容合理且已向劳动者公示；二是劳动者行为需达到“严重违反”的程度。
对于员工上厕所时间久的情况，我们需要具体分析：
规章制度的有效性：
- 公司应制定明确的规章制度，规定员工在工作时间内的行为准则，包括但不限于上厕所的时间限制。这些规章制度需经过民主程序制定，内容合理，且已向员工公示。
员工行为的合理性：
- 员工享有基本生理需求权利，如上厕所，这是人之常情。然而，该权利的行使需以“合理必要”为限，且不得与岗位职责严重冲突。
- 如果员工上厕所的时间显著超出正常生理需求范畴，且未能提供任何工作记录或合理事由（如突发疾病就医证明）佐证其行为与履职相关，那么这种长时间脱岗行为可能构成对劳动纪律的根本违反。
管理权与员工权益的平衡：
- 用人单位有权要求员工在履职期间保持必要的工作状态，以确保企业正常运营秩序。
- 同时，员工并非“全天候受限”，其基本生理需求应得到尊重。因此，在处理此类问题时，用人单位需权衡管理权与员工权益，避免过度干预员工的基本生活需求。
具体处理建议：
- 沟通与教育：首先，用人单位应与员工进行沟通，了解其上厕所时间久的原因，并对其进行教育，强调工作纪律和岗位职责的重要性。
- 依据规章制度处理：如果员工的行为确实违反了公司的规章制度，且达到了“严重违反”的程度，用人单位可以依据规章制度对其进行处理，包括但不限于警告、记过、解除劳动合同等。
- 注意程序合法性：在处理过程中，用人单位需确保程序合法，如提前通知工会、告知员工处理结果等，以避免法律纠纷。
案例参考：
- 类似案例中，法院通常支持用人单位依据合法有效的规章制度解除劳动合同，如果员工的行为确实构成了对劳动纪律的根本违反。例如，某员工因长时间滞留卫生间被公司解除劳动合同，法院最终驳回了该员工的诉讼请求。
综上所述，对于上厕所时间久的员工，用人单位应首先通过沟通与教育解决问题；如果问题无法解决且员工行为确实违反了规章制度，用人单位可以依据规章制度进行处理，但需确保程序合法并权衡管理权与员工权益。