公司一般不可以仅以员工上厕所时间长为由开除员工，但若该行为严重违反公司规章制度且规章制度合法有效，公司可能有权解除劳动合同。以下从不同角度进行分析：

一、从一般情况来看

员工上厕所是正常的人体生理需求，属于合理的休息和放松范畴。在正常的工作时间内，员工因上厕所而短暂离开工作岗位，这是被允许的，公司不能仅仅因为员工上厕所时间长就随意开除员工。例如，员工可能因为身体不适（如肠胃问题等）导致上厕所时间稍长，这种情况下公司更应该给予理解和关怀，而不是采取开除这样极端的措施。

二、从公司规章制度角度分析

如果公司有明确的规章制度，规定员工上厕所的时间限制，并且该规章制度是经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已经向员工公示或者告知（比如通过员工手册、培训、公告等方式让员工知晓），同时该规定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。那么，当员工上厕所时间明显超出合理范围，且严重违反了公司的这一规章制度时，公司有可能依据该规章制度解除与员工的劳动合同。

不过，即便如此，公司在解除劳动合同时也需要遵循一定的程序。根据《劳动合同法》的规定，公司应当事先将理由通知工会（如果公司有工会的话），工会提出意见后，公司需要研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。同时，公司还需要向员工说明解除劳动合同的理由，并出具解除劳动合同的证明。

三、从法律后果角度分析

如果公司没有合法合理的依据，仅以员工上厕所时间长就开除员工，那么公司的行为可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》的规定，员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付赔偿金。赔偿金的标准是按照员工在公司的工作年限，每满一年支付两个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付一个月工资的经济补偿。

建议：如果公司以此为由开除你，你可以先查看公司的规章制度，确认该规定是否合法有效以及你是否确实严重违反了该规定。如果认为公司的开除行为不合法，你可以与公司进行协商，要求公司撤销开除决定或者给予相应的赔偿。如果协商不成，你可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

如果你有进一步的法律问题，比如公司规章制度的具体合法性判断、劳动仲裁的具体流程等，都可以直接向我咨询。