公司规定员工如厕时间并罚款的做法是不合法的，公司无权对此进行罚款。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公司规章制度的合法性

1. 规章制度的制定：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。
2. 规章制度的内容：规章制度的内容不得违反国家法律、行政法规及政策规定。如厕是员工的正常生理需求，公司无权限制并对此进行罚款，否则即违反了《中华人民共和国劳动法》第三条关于劳动者享有休息休假等权利的规定。

二. 公司罚款行为的合法性

1. 罚款的权限：在我国，对员工的罚款权一般属于行政机关，企业无权对员工进行罚款。公司规章制度中规定的罚款条款，如果未经合法程序且内容违法，则不能作为处罚员工的依据。
2. 罚款的执行：即使公司规章制度中规定了罚款条款，且该条款经过了合法程序制定并公示，但如果罚款行为本身违反了法律法规，如罚款数额过高、罚款程序不合法等，员工也有权拒绝接受罚款。

三. 员工的应对措施

1. 提出异议：如果公司试图执行这样的罚款规定，员工可以向公司提出异议，指出该规定的违法性，并要求公司予以撤销或修改。
2. 申请劳动仲裁：如果公司坚持执行违法罚款规定，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

我建议：面对公司不合理的如厕时间规定和罚款行为，员工应勇敢站出来维护自己的合法权益。可以先与公司进行沟通协商，要求公司撤销或修改相关规定；如果公司不予理会，则可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。