分包三方协议在符合相关法律法规规定的情况下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性判断的核心要素
主体资格合法：
- 分包单位必须具备与分包工程相适应的资质条件，包括注册资本、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等，且需经资质审查合格并取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。例如，若分包工程涉及消防设施，则分包单位需具备消防设施工程专业承包资质。
取得发包人同意：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，总承包人或勘察、设计、施工承包人需经发包人同意，方可将自己承包的部分工作交由第三人完成。这种同意可以是总承包合同中的明确约定，也可以是事后的书面同意。若未取得发包人同意，则分包行为可能被视为违法。
一次分包原则：
- 合法的分包必须是一次性的，即分包单位不得将其承包的工程再次分包给其他单位。这是为了防止工程质量和责任追溯的复杂性，确保工程质量和安全。
非主体工程分包：
- 建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成，不得分包给其他单位。这是确保工程整体质量和结构安全的重要原则。若将主体工程分包，则可能构成违法分包。
二、协议内容的合法性要求
除了上述核心要素外，分包三方协议的内容也应明确各方权利义务，包括但不限于工程范围、质量标准、工期要求、价款支付等。协议内容应避免模糊不清或存在歧义，以确保各方在履行协议过程中能够明确各自的责任和义务。
三、违法分包的法律后果
若分包三方协议存在违反法律法规强制性规定的情形，如未经发包人同意的分包、将工程分包给无资质单位、再次分包或主体工程分包等，则可能导致协议无效。此时，相关责任方将面临严厉的法律制裁，包括但不限于责令改正、没收违法所得、并处罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。同时，给建设单位造成损失的，还需承担赔偿责任。
四、实际操作中的建议
严格审查分包单位资质：
- 在签订分包三方协议前，总承包单位应严格审查分包单位的资质条件，确保其具备与分包工程相适应的资质证书和业绩。
明确协议内容：
- 协议内容应详细、明确，包括工程范围、质量标准、工期要求、价款支付等关键条款。同时，应约定违约责任和争议解决方式，以应对可能出现的纠纷。
取得发包人书面同意：
- 在签订分包三方协议前，总承包单位应取得发包人的书面同意，以确保分包行为的合法性。
遵守一次分包原则：
- 分包单位应遵守一次分包原则，不得将其承包的工程再次分包给其他单位。
总结来看，分包三方协议的合法性取决于多个因素，包括主体资格合法、取得发包人同意、一次分包原则以及非主体工程分包等。在签订协议前，各方应严格审查相关条件，确保协议内容的合法性和有效性。若您在建设工程领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。