结论前置：关于厂内吃饭时间扣除一小时不算加班是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。
合法情形
规章制度明确且合理：
- 若用人单位有明确的规章制度，规定在加班期间统一安排集中用餐，且用餐时间不计入加班时长，同时该规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向劳动者公示，那么扣除一小时吃饭时间可能具有一定合理性。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或者告知劳动者。
符合劳动法律法规的整体要求：
- 加班时间的计算需符合法律规定的加班审批程序等要求。若用人单位在扣除一小时吃饭时间后，实际加班时长仍符合劳动者实际付出，且未违反每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的规定，那么这种扣除可能是合法的。
不合法情形
规章制度不明确或不合理：
- 若用人单位没有明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未向劳动者公示，就擅自扣除一小时吃饭时间不算加班，那么这种行为可能不合法。
- 法律后果：根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位有未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等情形的，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
实际加班时长与劳动者付出不符：
- 若扣除一小时吃饭时间后，实际加班时长明显短于劳动者实际付出，导致劳动者权益受损，那么这种扣除可能不合法。
- 法律建议：劳动者可以保留相关证据（如加班记录、工资条等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付应得的加班工资。
实际操作建议
- 劳动者：若遇到厂内吃饭时间扣除一小时不算加班的情况，首先应查看用人单位的规章制度是否明确且合理，是否经过民主程序制定并已向劳动者公示。若存在疑问或争议，可以保留相关证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 用人单位：应制定明确且合理的规章制度，确保加班时间的计算符合劳动法律法规的整体要求。同时，应加强与劳动者的沟通，确保劳动者的权益得到保障。
总结：判断厂内吃饭时间扣除一小时不算加班是否合法，关键在于用人单位的规定是否合理合法，以及是否符合劳动法律法规的整体要求。若存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或向劳动监察部门投诉。