单位恶意销毁员工的考勤记录是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律角度

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条的规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”考勤记录作为用人单位掌握管理的证据，对于确认劳动者的工作时间、加班情况、工资发放等具有关键作用。如果单位恶意销毁考勤记录，将可能面临在劳动争议中承担不利后果的风险。

此外，如果单位销毁考勤记录的行为涉及伪造、变造证据，还可能触犯《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》的相关规定，面临罚款、拘留甚至刑事处罚。

二、实际操作角度

1. 对劳动者的影响：考勤记录是劳动者证明自己工作时间、加班情况的重要依据。如果单位恶意销毁考勤记录，劳动者在主张加班费、未休年休假工资等权益时，可能会因为缺乏证据而面临困难。

2. 对用人单位的影响：恶意销毁考勤记录不仅可能使单位在劳动争议中承担不利后果，还可能损害单位的声誉和信誉，影响员工对单位的信任和忠诚度。

三、建议与措施

1. 劳动者方面：

   • 劳动者应妥善保管自己的考勤记录或相关证据，如工作证、工作邮件、工作记录等，以备不时之需。
   • 如果发现单位恶意销毁考勤记录，劳动者应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 用人单位方面：

   • 用人单位应建立健全的考勤管理制度，确保考勤记录的完整性和真实性。
   • 如果需要销毁考勤记录，应按照规定的程序进行，并确保不损害劳动者的合法权益。
   • 用人单位应加强对员工的教育和管理，提高员工的法律意识和诚信意识，避免恶意销毁考勤记录等违法行为的发生。

总结来说，单位恶意销毁员工的考勤记录是违法的，不仅可能面临法律处罚，还可能损害单位的声誉和信誉。因此，无论是劳动者还是用人单位，都应遵守相关法律法规，确保考勤记录的完整性和真实性。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。