招明文件（假设为招标文件）中注明付款方式可协商是合规的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律合规性角度
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有充分的合同自由，包括协商确定合同条款的权利。
- 付款方式作为合同的重要条款之一，双方当然有权进行协商并确定。
招标文件的性质：
- 招标文件是招标人向潜在投标人发出的要约邀请，其目的在于邀请投标人参与投标并竞争合同。
- 招标文件中注明的付款方式可协商，并不违反招标投标的法律法规，因为最终合同条款的确定仍需通过招标人与中标人之间的协商和谈判。
二、实际操作角度
灵活性：
- 注明付款方式可协商，为招标人和中标人提供了更大的灵活性。在实际操作中，双方可以根据项目的具体情况、资金状况等因素，协商确定更为合适的付款方式。
风险防控：
- 通过协商确定付款方式，有助于双方更好地防控风险。例如，对于招标人而言，可以协商要求中标人提供一定的履约担保或分期付款等，以降低合同履行过程中的风险。
- 对于中标人而言，也可以根据自身的资金状况和项目进度，与招标人协商更为合理的付款安排。
三、注意事项
明确协商范围：
- 虽然招标文件中注明了付款方式可协商，但双方仍需在协商过程中明确协商的范围和界限，避免出现不必要的争议。
书面确认：
- 双方协商确定的付款方式应以书面形式进行确认，并作为合同的一部分。这有助于确保双方的权利和义务得到明确和保障。
遵守法律法规：
- 在协商过程中，双方仍需遵守相关的法律法规和招标投标的规定，确保协商结果的合法性和有效性。
建议：在实际操作中，招标人和中标人应充分沟通、协商，并确保协商结果符合法律法规和招标投标的规定。如果双方在协商过程中遇到任何法律问题或争议，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。