招标文件中付款方式的歧义部分，在签合同时一般不可以进一步明确为与招标文件实质性条款相悖的内容。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律条款的明确规定
根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）的相关规定，采购人或者采购代理机构应当根据采购项目的特点和采购需求编制招标文件，且招标文件应当包括采购资金的支付方式、时间、条件。这意味着，项目采购资金的支付方式应当在招标文件中就明确，不能在签订合同时再与中标人商定或进行实质性修改。付款方式属于实质性条款，依法不允许修改，因为这类条款的更改会影响供应商的实际得分，容易对供应商造成新的不公，同时也可能影响投标报价。
二、实质性条款的不可修改性
实质性条款，如采购标的、规格型号、采购金额、采购数量、技术和服务要求等，以及与评分标准有关的内容和可能影响投标报价的内容（如付款方式、预付款的比例及金额大小、合同款支付是否及时等），在合同签订过程中均不得进行实质性修改。这是为了维护招标投标的公平性和公正性，确保所有供应商在相同的条件下进行竞争。
三、实际操作中的建议
在招标文件编制阶段明确付款方式：为了避免后续合同签订过程中的纠纷和不确定性，采购人应在招标文件编制阶段就明确付款方式，并确保其清晰、无歧义。
对歧义部分进行澄清或修正：如果在招标文件发布后发现付款方式存在歧义，采购人应及时通过澄清或修正的方式予以明确，而不是在签订合同时再进行修改。这可以通过发布补充公告或通知所有潜在供应商的方式实现。
在合同谈判中保持谨慎：即使招标文件中存在某些非实质性的不明确之处，采购人在合同谈判过程中也应保持谨慎，避免对实质性条款进行修改。如果确实需要对某些条款进行调整，应确保这种调整不会违反相关法律法规和招标文件的规定。
四、法律后果
如果采购人在签订合同时对招标文件中的实质性条款（如付款方式）进行了修改，可能会面临以下法律后果：
合同无效：根据相关法律法规，违反法律、行政法规的强制性规定的合同可能被认定为无效。
行政处罚：采购人可能因违反政府采购规定而受到行政处罚，如罚款、警告等。
民事责任：如果因修改实质性条款而导致供应商遭受损失，采购人可能需要承担相应的民事责任。