招标文件中的付款条款存在矛盾时，在合同阶段是可以进行调整的，但具体调整方式和可行性需根据实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同自由原则下的调整

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有自愿订立合同、确定合同内容的自由。这意味着，如果招标文件中的付款条款存在矛盾，双方当事人在合同谈判阶段有权进行协商和调整，以达成一致意见。

2. 调整方式：在合同谈判阶段，双方可以就付款条款的矛盾之处进行明确和细化，例如重新约定付款方式、付款时间、付款条件等，以确保合同条款的清晰、准确和可执行性。

二、招标投标法下的限制与调整

1. 招标投标法的规定：虽然合同自由原则赋予了双方当事人一定的自主权，但招标投标活动仍需遵循《中华人民共和国招标投标法》的相关规定。如果招标文件中的付款条款是招标文件的重要组成部分，且已经作为招标公告或邀请书的一部分发布，那么对这些条款的修改可能会受到一定的限制。

2. 调整的可能性：在合同阶段，如果双方发现招标文件中的付款条款存在矛盾或不合理之处，且这种矛盾或不合理之处并未构成对招标投标法强制性规定的违反，那么双方仍然可以通过协商和谈判的方式对条款进行调整。但需要注意的是，这种调整应当是在双方自愿、平等、公平的基础上进行，且不得损害国家利益、社会公共利益和第三人的合法权益。

三、实际操作中的建议

1. 及时沟通：在合同谈判阶段，如果发现招标文件中的付款条款存在矛盾，双方应及时进行沟通，明确各自的需求和期望，以便就条款的调整达成一致意见。

2. 明确条款：在调整付款条款时，双方应尽可能明确和细化条款内容，避免出现新的矛盾或歧义。例如，可以约定具体的付款方式、付款时间节点、付款条件等，以确保合同条款的清晰和可执行性。

3. 法律审查：在合同签订前，建议双方对合同条款进行法律审查，以确保合同条款的合法性和有效性。如果可能的话，可以聘请专业律师进行协助，以提供更专业的法律意见和建议。

四、可能面临的法律后果

如果双方在合同阶段未能就招标文件中的付款条款矛盾进行有效调整，可能会导致合同在履行过程中出现纠纷或争议。例如，因付款条款不明确而导致的付款延迟、付款金额争议等。这些纠纷或争议不仅会影响合同的顺利履行，还可能给双方带来不必要的经济损失和法律风险。

因此，我建议你在合同阶段就招标文件中的付款条款矛盾与对方进行充分沟通和协商，以确保合同条款的清晰、准确和可执行性。如果你在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律意见和建议。