招标文件中的条款在合同中一般不可以修改，尤其是实质性条款。下面我将从几个方面详细解释这个问题：
法律法规的明确规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这意味着，一旦中标，合同的内容应当与招标文件和中标人的投标文件保持一致，不得随意修改实质性条款。
实质性条款的重要性：
- 实质性条款是合同的核心内容，包括合同标的、数量、质量、价款或报酬、付款方式、履约期限、违约责任以及解决争议的方法等。这些条款直接关系到双方当事人的利益和交易的公平性，因此，在招标投标过程中，这些条款应当被严格遵守，不得随意更改。
非实质性条款的可协商性：
- 虽然实质性条款不可修改，但对于非实质性条款，双方可以通过协商一致进行调整。非实质性条款通常指的是那些不影响合同基本权利和义务的条款，如合同的格式、文字的表述等。
招标文件的异议期：
- 在招标阶段，潜在投标人可以对招标文件中的不合理条款提出异议，要求修改。一旦超出异议期，即丧失了对招标文件提出修改的建议权。因此，投标人在拿到招标文件后，应第一时间对合同实质性条款做详细审查。
综上所述，招标文件中的条款，特别是实质性条款，在合同中一般不可以修改。这是由法律法规的明确规定所决定的，也是为了保障交易的公平性和双方当事人的利益。如果在实际操作中遇到相关问题，建议及时咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。