针对没有事实根据的协议，其处理方式需根据具体情况来定，但总体上，这类协议可能面临无效或可撤销的风险。以下是从不同角度给出的详细分析：
一、协议无效的情形
缺乏真实意思表示：
- 如果协议是在一方或双方没有真实意思表示的情况下签订的，比如受到欺诈、胁迫或乘人之危，那么该协议可能被视为无效。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。同时，一方以欺诈、胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
内容违法或违背公序良俗：
- 如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议也是无效的。
- 法律依据：同样依据《民法典》，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为同样无效。
二、协议可撤销的情形
重大误解：
- 如果签订协议时，一方或双方对协议的内容存在重大误解，那么受误解方有权请求撤销该协议。
- 法律依据：根据《民法典》，基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
显失公平：
- 如果协议在订立时显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方也有权请求撤销。
- 法律依据：同样依据《民法典》，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
三、应对策略与建议
收集证据：
- 如果发现协议没有事实根据，或者存在无效、可撤销的情形，首先应当收集相关证据，如沟通记录、交易凭证、证人证言等，以证明协议的真实情况。
协商解决：
- 在收集到足够证据后，可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见，对协议进行修改或撤销。
法律途径：
- 如果协商无果，或者对方拒绝承认协议的问题，那么可以考虑通过法律途径来解决。可以向人民法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销协议，并要求对方承担相应的法律责任。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理没有事实根据的协议时，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。