在总公司中标后由分公司实施项目的情况下，合同乙方的填写需根据具体情况来确定，一般而言，存在两种常见情况：
若合同明确允许分公司作为签约方，且分公司具备独立签约能力：
- 在此情况下，合同乙方可以填写为分公司的名称。这是因为，尽管项目是由总公司中标，但如果合同条款或相关法律规定允许分公司独立承担合同责任，并且分公司具备相应的民事行为能力和签约资格，那么分公司作为合同乙方是合法且有效的。这种情况下，分公司将直接承担合同中的权利和义务。
若合同未明确允许分公司签约，或分公司不具备独立签约能力：
- 在此情况下，合同乙方应填写为总公司的名称。因为分公司作为总公司的分支机构，其民事责任通常由总公司承担。如果合同或法律没有特别规定分公司可以独立签约，或者分公司由于各种原因（如未进行工商登记、不具备独立法人资格等）不具备独立签约能力，那么为了保障合同的合法性和有效性，以及确保合同权利义务的明确归属，应将总公司作为合同乙方。
法律背景与建议：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于签约方资格和责任承担的规定。这有助于避免因签约方身份不明确而引发的法律纠纷。
- 如果总公司希望由分公司具体实施项目并承担合同责任，建议在合同中明确约定分公司的签约资格和责任承担方式。这可以通过在合同中增加相关条款或签订补充协议来实现。
- 在实际操作中，还应考虑分公司的财务状况、管理能力等因素，以确保其能够胜任合同项下的义务。如果分公司存在财务或管理上的问题，可能会影响到合同的履行和总公司的利益。
可能的法律后果：
- 如果错误地填写了合同乙方，可能会导致合同无效或产生法律纠纷。例如，如果分公司不具备独立签约能力而被错误地列为合同乙方，那么当合同出现纠纷时，可能会因签约方资格问题而影响到纠纷的解决和责任的承担。
- 因此，在签订合同时，务必确保合同乙方的填写符合法律规定和合同约定，以避免不必要的法律风险和损失。
总结与进一步思考：
在总公司中标后由分公司实施项目的情况下，合同乙方的填写需根据具体情况和法律规定来确定。为了确保合同的合法性和有效性，以及避免不必要的法律纠纷和损失，建议在签订合同时仔细审查合同条款并咨询专业律师的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。