总公司中标后，一般不可以直接用分公司跟甲方签订合同，但在特定条件下可能具有合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的不合规性
招投标原则：招投标活动必须遵循公平、公正、公开的原则。分公司作为投标人参与投标，是基于其自身的资质、能力、业绩等条件进行竞争的。若由总公司签订合同，实际履行主体发生变更，这不仅违背了招投标的基本规则，也损害了其他投标人的合法权益，破坏了市场竞争的公平性。
合同主体一致性：在招投标法律关系中，中标后签订合同的主体应与投标主体保持一致。分公司中标后，应由分公司签订合同，以确保合同主体的合法性和合同效力的确定性。
法律责任明确性：若总公司代替分公司签订合同，可能导致法律责任不明确，增加纠纷风险。在合同履行过程中，若出现问题或纠纷，难以确定责任主体，给双方带来不必要的麻烦。
二、特定条件下的合法性探讨
尽管一般情况下总公司不能直接签合同，但在某些特定条件下，这种行为可能具有合法性：
招标人同意：如果招标人在招投标文件中明确规定或事先说明允许总公司代分公司签订合同，并且在实际操作中获得了招标人的明确同意或认可，那么这种操作可能具有合法性。但这种情况较为特殊，需要招标人、总公司和分公司三方达成一致意见。
特别授权：如果分公司获得总公司的特别授权，明确授权总公司就该中标项目签订合同，并且这种授权得到了招标人的充分披露和认可，那么合同签订行为也有可能得到有效处理。但同样，这种情况也需要满足一定的条件，并确保所有步骤都符合相关法律法规的要求。
三、实际操作中的建议
详细咨询法律专业人士：鉴于分公司中标后总公司签订合同可能涉及的复杂法律问题，建议在实际操作前详细咨询法律专业人士，如律师或法律顾问。他们可以根据具体的项目情况、地区法律法规以及合同条款，为当事人提供针对性的法律建议和解决方案。
确保合同主体一致性：在签订合同时，应确保合同主体与招投标文件中的主体一致，以避免可能出现的法律风险和问题。如果确实需要变更合同主体，应获得招标人的明确同意，并按照相关法律法规的要求进行操作。
明确法律责任：在合同中应明确各方的法律责任和义务，以确保在合同履行过程中出现问题或纠纷时，能够迅速确定责任主体并采取相应的解决措施。
总结：总公司中标后，一般不可以直接用分公司跟甲方签订合同。但在特定条件下，如获得招标人同意或分公司特别授权的情况下，这种操作可能具有合法性。为确保操作的合规性和有效性，建议在实际操作前详细咨询法律专业人士，并确保合同主体一致性、明确法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。