事业单位整体转企后，员工的退休办理方式需根据政策规定、个人身份及编制类型、养老保险制度以及劳动合同及约定等多个因素综合确定，不能简单地说退休时事业部分就一定按事业算。以下是对这一问题的详细分析：

一、政策规定

1. 转制前已退休人员：继续按照国家和地方规定的事业单位退休待遇政策执行，享受事业编相关政策下的退休待遇及养老金调整。但这并不直接适用于转制后退休的人员。
2. 过渡期政策：为平稳推进转制，通常会设置过渡期（一般为5-10年）。过渡期内退休人员实行新老待遇计发办法对比，保低限高，确保待遇不降低并逐步过渡。但过渡期结束后，退休人员将完全按照企业职工基本养老保险制度办理退休手续并计发养老金。

二、个人身份及编制类型

1. 保留事业身份：若员工在转制前为事业编制，且按政策可保留事业身份至退休，则可能按事业编办理退休。但这种情况较为特殊，需要具体政策支持。
2. 身份转变：若员工身份随单位转制自动转变为企业员工，则应按照企业编办理退休。这是大多数转制后员工的情况。

三、养老保险制度

1. 机关事业单位养老保险：一直参加机关事业单位养老保险且符合事业编退休条件的员工，可能继续按此办理退休。但转制后，这部分员工通常会转入企业职工基本养老保险制度。
2. 企业职工基本养老保险：已转入或原本参加企业职工基本养老保险的员工，退休时应按照企业编的相关规定执行。这是转制后员工的主要退休方式。

四、劳动合同及约定

1. 合同约定：员工与单位签订的劳动合同中关于退休的约定具有法律效力。如合同中有明确条款规定了退休方式，应按照合同约定执行。但需注意，合同条款不得违反法律法规的强制性规定。
2. 特殊情况处理：在转制过程中，若个人与单位有相关协议约定退休待遇，且不违反法律法规强制性规定，可能会按照协议来执行退休待遇。

建议与指导

• 咨询当地人社部门：由于事业单位转企后员工退休办理方式的复杂性，建议咨询当地人社部门以获取最准确、最权威的指导。
• 关注单位转制进程：员工应密切关注单位转制进程及相关政策变化，及时了解自己的退休权益及办理流程。
• 保留相关证据：在转制过程中，员工应保留好与单位签订的劳动合同、相关协议以及参加养老保险的证明等文件，以便在办理退休时提供有力证据。

总结来看，事业单位整体转企后，员工的退休办理方式并非一成不变，而是需要根据具体情况进行综合确定。因此，不能简单地说退休时事业部分就一定按事业算。如果您对此有进一步的疑问或需要具体的法律指导，请随时向我咨询。